手术治疗是解决脑膜膨出的唯一途径。外科手术目的在于除去无功能的脑组织，缝合缺损。现趋向于手术越早越好，理由是：①囊肿随年龄的增大而增大，可使邻近的脑组织受牵拉或嵌顿在颅骨缺损处，也可发展成为脑膜脑膨出而影响手术效果。②囊肿的皮肤随着囊肿的膨大而逐渐变薄，容易发生溃破引起颅内感染，严重威胁患儿的生命。囊肿溃破或引起颅内感染病例，应严格消毒囊肿周围皮肤并盖上保护垫，使溃破处不裸露。术后俯卧位、观察颅内压和有无脑积水。
脑膨出常合并其他脑畸形的发生，包括：胼胝体畸形、神经元移行异常、Chiari畸形、Dandy‐Walker畸形等。较大的枕部脑膨出，应判定硬膜静脉窦是否进入或经过囊内，可采用MRI静脉造影显示静脉窦是否在囊内走行，便于手术治疗。
