1﹒临床表现
生后胎粪排出延迟，90%以上患儿生后24小时内无胎粪，继而出现顽固性便秘和腹胀。经肛门指诊感到直肠痉挛，至壶腹部空虚不能触及大便，灌肠后有大量胎粪及气体呈爆炸式排出，症状即可缓解，以后又反复出现，应考虑本病，常伴营养不良及食欲减退。
2﹒X 线检查
新生儿腹部立位平片多显示低位结肠梗阻，肠腔普遍扩张胀气，有多数液平面及呈弧形扩张的肠袢，可看到扩张的降结肠，直肠不充气，表现为盆腔空白。钡灌肠为主要的诊断方法。可见直肠、乙状结肠远端细窄，结肠壁的结肠袋形消失，变平直，无蠕动，有时呈不规则锯齿状。乙状结肠近端及降结肠明显扩张，肠腔扩大，袋形消失，蠕动减弱。移行段多呈猪尾状，蠕动到此消失。24小时后再观察，结肠内仍有较多的钡剂存留。钡剂灌肠目的是显示痉挛段及其上方的扩张段，因此确认扩张段即可，不要过多灌入钡剂继续向上检查，以免加重患儿腹胀及其危险。新生儿期由于近端结肠尚未扩张，不易与无神经节细胞的肠段作对比，因此约有20%病例不能确诊。
3﹒直肠活体检查
①直肠肌层活检：需在全麻下取直肠壁肌层活检，取材高度新生儿在齿状线上方至少2c m，证实肌间神经节细胞缺如即可诊断巨结肠，准确率为98%。虽可靠但新生儿因肛门狭小、直肠壁薄、操作不便；节细胞有时为未成熟型，不易辨别；手术易发生穿孔、感染等并发症。②直肠黏膜活检：仅吸取一小块黏膜。该法简单、安全可靠。检查方法有组织学、组织化学及免疫组织化学。组织学检查主要用HE 染色判断神经丛中神经节细胞的有或无，该法不准确；用乙酰胆碱酯酶染色组织化学法，可见到大量增粗的乙酰胆碱酯酶神经纤维（正常呈阴性反应）。用此法诊断安全，正确率达96%。新生儿期因乙酰胆碱酯酶活性较低，易出现假阴性结果；免疫组织化学方法准确性高，但试剂昂贵，目前尚不是常规诊断方法。有报道采用神经元特异性烯醇化酶（NSE）免疫组织化学法，无一例误诊。
4﹒直肠内测压检查
正常情况下，直肠内压力为1.17kPa（12c mH2O）左右，当直肠壁受到直肠内容物膨胀刺激时，产生肛内括约肌反射性松弛，肛管内压力随之下降。巨结肠患儿当直肠扩张时不出现直肠肛管松弛反射，内括约肌痉挛持续存在，直肠肛管内压力增高。采用双腔管，顶端为直肠气球，间隔2c m 处为内括约肌气球，连接测压装置。先清洁灌肠，使直肠空虚，将双腔管放入肛门，充气入气囊。正常小儿可看到肛门管的收缩波，2～3秒后内括约肌压力下降。患儿不出现此现象，反而升高。生后12天以内直肠内括约肌尚未完全建立，故只适用于12天以后的新生儿，尤其适用于短段型者。确诊率超过90%。
5﹒肌电图检查
将电极放入肛门直肠腔内测肠肌波形，正常为慢波和峰波（肠壁锋电位）。患儿波形低矮、光滑、缺少锋电位。方法简便，无痛苦，可反复检查，可作为病例筛选和诊断的参考资料。
