新生儿期较易出现并发症。
1﹒小肠结肠炎
是最常见和最严重的并发症，尤其是新生儿期，占30%～50%。因大量粪便长期滞留于结肠内，致使肠壁循环障碍，再加以细菌感染而致病。有人认为与肠壁局部免疫功能低下有关。结肠为主要受累部位，肠黏膜水肿、溃疡、局限性坏死，炎症侵犯肌层后可表现浆膜充血、水肿、增厚，腹腔内可有渗出，形成渗出性腹膜炎。患儿全身情况突然恶化，顽固性腹胀，拒奶或呕吐胆汁，继之出现腹泻，排出大便稀薄，并有奇臭，经常便秘与腹泻交替出现。同时可有高热及明显的水、电解质紊乱。重症肠炎可在短期内死于中毒性休克。反复迁延，可日趋消瘦，伴有低蛋白性水肿，炎症往往顽固难治。
2﹒肠穿孔
由于新生儿肠壁肌层菲薄，扩大的肠腔内压力较高，代偿性肥厚的肠壁尚未形成，肠壁承受压力最大的部分，可发生穿孔。有的新生儿巨结肠以肠穿孔为首发症状。当并发小肠结肠炎时，穿孔机会更大。乙状结肠和盲肠穿孔最多见，继而引起腹膜炎。
3﹒全身并发症
多伴有营养不良、贫血，由于全身抵抗力低下，易继发各种感染。
