常见原因有手术、创伤、腹腔感染、恶性肿瘤、放射线损伤、化疗以及肠道炎症与感染性疾病等方面。临床上肠外瘘主要发生在腹部手术后，是术后发生的一种严重并发症，主要的病因是术后腹腔感染、吻合口裂开、肠管血运不良造成吻合口瘘。小肠炎症、结核、肠道憩室炎、恶性肿瘤以及外伤感染、腹腔炎症、脓肿也可直接穿破肠壁而引起肠瘘。有些为炎性肠病本身的并发症，如克罗恩病引起的内瘘或外瘘。根据临床资料分析，肠瘘中以继发于腹腔脓肿、感染和手术后肠瘘最为多见，肠内瘘常见于恶性肿瘤。放射治疗和化疗也可导致肠瘘，比较少见。
（一）水、电解质、酸碱平衡紊乱
成年人每日胃肠液分泌约8000ml，内含大量电解质成分，肠外瘘时液体丢失到体外，引致电解质及酸碱平衡紊乱；十二指肠和空肠上段的高位肠瘘，由于失去了回肠、结肠的重吸收作用，液体丧失量大，可引起脱水、低血容量与周围循环衰竭，甚至休克。
（二）感染
大多数肠瘘病程中均伴有局限性或弥漫性腹膜炎，并发脓肿。患者表现为局部或全身感染、中毒症状，可并发急性呼吸衰竭、肾衰竭等，甚至出现败血症、休克，导致死亡。
（三）营养不良
正常情况下，胃肠分泌液中蛋白质被重吸收利用。肠瘘时大量蛋白质和消化酶丢失，加之机体因感染等原因处于高分解代谢状态，可造成负氮平衡，迅速出现体重减轻、贫血、低蛋白血症等，甚至出现恶病质。
（四）瘘口周围皮肤溃烂
含有大量消化酶类的胃肠液外漏，长时间腐蚀瘘口周围皮肤，可引起溃烂，并继发感染和出血。
