阿米巴肝脓肿的发病与阿米巴结肠炎有密切关系，且脓肿大多数为单发；细菌性肝脓肿的细菌侵入途径除败血症外，可由腹腔内感染直接蔓延所引起，亦可因脐部感染经脐血管，门静脉而入肝脏，胆道蛔虫亦可为引起细菌性肝脓肿的诱因。常见的细菌有金黄色葡萄球菌，链球菌等。此外，在开放性肝损伤时，细菌可随致伤异物或从创口直接侵入引起肝脓肿；细菌也可来自破裂的小胆管。有一些原因不明的肝脓肿，称隐源性肝脓肿，可能与肝内已存在的隐匿病变有关。这种隐匿病变在机体抵抗力减弱时，病原菌在肝内繁殖，发生肝脓肿。有人指出隐源性肝脓肿中25%伴有糖尿病。
肝脓肿可为多发性也可为孤立性。左右叶均可发病，但以右叶占绝大多数。血源性肝脓肿则多为两叶散在病灶。临床上的肝脓肿大体上可有两种类型，即局限性脓肿和蜂窝组织炎性脓肿。血源性包括肝动脉源及门静脉源，均可发生弥漫性肝内化脓感染。肝肿大充血、渗出及小坏死灶，最后形成蜂窝组织炎。切片上可见多发性小脓肿及广泛性浸润。局限性脓肿多来自逆行感染，脓肿较大，脓肿壁有浸润增生及纤维化，中心积脓量较大，常因内部压力而成球形。但脓肿外肝组织可以正常。
