１.血清胆红素的动态观察
每周测定血清胆红素，如胆红素量曲线随病程趋向下降，则可能是肝炎，若持续上升，提示为胆道闭锁，但重型肝炎并伴有肝外胆道阻塞时，亦可表现为持续上升，此时则鉴别困难。
２.超声显象检查
若未见胆囊或见有小胆囊(1、5cm以下)则疑为胆道闭锁。若见有正常胆囊存在，则支持肝炎，如能看出肝内胆管的分布形态，则更能帮助诊断。
３.99mTe-diethyliminodiaceticacid(DIDA)排泄试验
近年已取代131碘标记玫瑰红排泄试验有较高的肝细胞提取率，优于其他物品。可诊断由于结构异常所致的胆道部分性梗阻，如胆总管囊肿或肝外胆管胆道造影狭窄，发生完全梗阻时，则扫描不见肠道显影，可作为重症肝内胆汁郁积的鉴别。在胆道闭锁早期，肝细胞功能良好，5分钟显现肝影，但以后未见胆道显影，甚至24小时后亦未见肠道显影，当新生儿肝炎时，虽然肝细胞功能较差，但肝外胆道通畅因而肠道显影。
４.脂蛋白-X(Lp-x)定量测定
脂蛋白-X是一种低密度脂蛋白，在胆道梗阻时升高。据研究，所有胆道闭锁病例均显升高，且在日龄很小时已呈阳性。新生儿肝炎病例早期呈阴性，但随日龄增长也可转为阳性。若出生已超过4周而Lp-X阴性，可除外胆道闭锁，如>500mg/dl，则胆道闭锁可能性大。亦可服用消胆胺，比较用药前后的指标，如含量下降则支持新生儿肝炎综合征的诊断，若继续上升则有胆道闭锁可能。
５.胆汁酸定量测定
最近应用于血纸片血清总胆汁酸定量法，胆道闭锁时血清总胆汁酸为107-294μmol/L，一般认为达100μmol/L都属郁胆。同年龄无黄疸，对照组仅为5-33μmol/L，平均为18μmol/L，故有诊断价值。尿内胆汁酸亦为早期筛选手段，胆道闭锁时尿总胆汁酸平均为19.93±7.53μmol/L，而对照组为1.60±0.6μmol/L，较正常儿大10倍。
６.胆道造影检查
ERCP已应用于早期鉴别诊断，造影发现胆道闭锁有以下情况：①仅胰管显影；②有时可发现胰胆管合流异常，胰管与胆管均能显影，但肝内胆管不显影，提示肝内型闭锁。新生儿肝炎综合征有下列征象：①胰胆管均显影正常；②胆总管显影，但较细。
７.肝穿刺病理组织学检查
一般主张作肝穿刺活检或经皮肝穿刺造影及活检。新生儿肝炎的特征是小叶结构排列不整齐、肝细胞坏死、巨细胞性变和门脉炎症。胆道闭锁的主要表现为胆小管明显增生和胆汁栓塞、门脉区域周围纤维化，但有的标本亦可见到多核巨细胞。因此，肝、胆穿刺肝活检有时能发生诊断困难甚至错误。
１.新生儿肝炎
与新生儿肝炎鉴别最困难。肝炎男婴较女婴多，而胆道闭锁则女婴较男婴多1倍。陶土色大便开始较晚。患儿肝脏肿大不明显，很少见脾大。
２.新生儿溶血症
早期与胆道闭锁相似，有黄疸、肝脾大等，但患儿有严重贫血表现，末梢血象大量有核红细胞，随病儿长大，血象多自行恢复正常。黄疸开始时间为生后24小时内或第二天，且逐渐加重，持续一个月或更长，以非结合胆红素升高为主。母婴血型不合。
３.新生儿母乳性黄疸
病因为葡萄糖醛酸基转移酶的活力受到母乳中某些物质的抑制，一般于生后4~7天黄疸加重，2~3周最深，血胆红素以非结合胆红素升高为主，停乳后2~4天高胆红素血症迅速消退，临床上无肝脾大及灰白便。
４.先天性胆总管囊肿
本病为黄疸、腹部包块，灰白色粪便，但黄疸为间歇性，B超可探及肝门部有液平肿块，与肝内胆管相通。
５.新生儿败血症
黄疸开始时间为生后3~4天或更晚，持续1~2周或更长。早期非结合胆红素增高为主，晚期结合胆红素增高为主、溶血性，晚期合并肝细胞性，有感染中毒症状。
６.其他
肝外胆道附近的肿物或胆总管下端淋巴结肿大，可以压迫胆道引起梗阻性黄疸。先天性十二指肠闭锁、环状胰腺及先天性肥厚性幽门狭窄等亦可引起梗阻性黄疸。先天性胆道发育不良需诊断穿刺活检、术中胆道造影鉴别，病理上无毛细胆管增生、炎细胞浸润、胆栓、巨细胞。也应与TPN相关性黄疸和酶代谢异常（如α-胰蛋白酶缺乏等）所致的黄疸相鉴别。
