目前无统一的炎性肠病性关节炎的诊断标准，只有在确诊有溃疡性结肠炎或克罗恩病以后才能够根据其所伴有的脊柱炎症表现和／或外周关节炎诊断有炎性肠病关节炎。而对于关节炎或脊柱炎表现先于肠道炎

目前无统一的炎性肠病性关节炎的诊断标准，只有在确诊有溃疡性结肠炎或克罗恩病以后才能够根据其所伴有的脊柱炎症表现和／或外周关节炎诊断有炎性肠病关节炎。而对于关节炎或脊柱炎表现先于肠道炎症表现的患者，炎性肠病未确诊以前是无法诊断炎性肠病关节炎的。
主要的鉴别诊断有以下几点。
1﹒伴有腹泻的疾病
（1）急性胃肠炎：往往有诱因，有季节性，发病呈急性，恶心、呕吐更为突出，腹泻继之出现，多呈水样，抗生素治疗有效，病程短而多无关节症状有助于与溃疡性结肠炎和克罗恩病的表现相鉴别。
（2）细菌性痢疾：多夏季出现，突出的腹痛、腹泻、脓血便、大便可培养出致病菌，抗生素治疗有效，病程较短均有助于鉴别，但应警惕继痢疾后出现的反应性关节炎。
2﹒关节病变为突出表现的疾病
（1）强直性脊柱炎：部分患者可有肠道表现，如间断腹痛、腹泻，多较轻微，这类患者易被怀疑为肠病性关节炎，但纤维肠镜检查肠道多为较轻的非特异性炎症改变，这点最有助于鉴别。
（2）反应性关节炎：多有前驱感染史，出现以下肢为主的关节炎，80%患者HLA‐B27阳性，部分患者可以出现骶髂关节炎。在关节炎表现突出时，肠道、泌尿道症状多已消失。这些特点均有助于溃疡性结肠炎和克罗恩病相鉴别。
（3）贝赫切特病：多有突出的口腔溃疡、外阴溃疡并伴有葡萄膜炎、针刺脓疱疹、关节痛／炎、静脉炎等表现。对于贝赫切特病患者以消化道表现为突出症状，如腹痛、腹泻、血便，而有无肯定的针刺反应时难以鉴别，因溃疡性结肠炎和克罗恩病同样会出现与贝赫切特病一样的口腔溃疡、外阴溃疡、葡萄膜炎，但贝赫切特病的口腔溃疡和外阴溃疡疼痛剧烈，而溃疡性结肠炎和克罗恩病的溃疡疼痛较轻，最重要的区别是肠镜下的改变和病理的不同，贝赫切特病的本质是血管炎；溃疡性结肠炎表现为粘膜广泛的炎症；而克罗恩病是一种肉芽肿性改变。