肠病性关节炎指伴发于炎性肠病或某些肠道感染后出现的关节炎，包括肠道感染后反应性关节炎、炎性肠病性关节炎（克罗恩病和溃疡性结肠炎）、小肠旁路关节炎和Whipple病。其病因主要与遗传因素和肠道通透性的改变有关。
1﹒遗传因素
遗传因素是重要的易感因子，但是通过什么机制来起作用并不清楚。已经清楚HLA‐B27是一个易感因素，但在肠病性关节炎中，它仅仅与少数有脊柱关节受累的患者相关。与几种慢性关节炎的常见表现一致，在肠道局部也出现抗各种微生物免疫反应的增强。肠道内细胞因子平衡的改变也许是重要的致病因素。
2﹒肠道通透性
肠道通透性的增加已经被证实是发病机制中重要的因素。从炎性肠病患者肠腔内获取的细菌可以被IgG抗体以及分泌型IgA和分泌型IgM结合。由于炎症性粘膜外漏的增加使得补体结合IgG外移增加，这又引发炎症，反过来进一步增加肠道通透性。