由于重叠综合征的本质尚不清楚，其治疗方法也有待研究。以系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎或系统性硬皮病为中心病的重叠综合征，其免疫异常显著，临床症状明显，常呈现坏死性血管炎的病理特点。一般均采用大剂量激素治疗，也有合并应用免疫抑制剂者。对于类风湿性关节炎相关重叠综合征出现严重的关节畸形，可行适当的手术矫形，以助病变关节恢复功能。对与结缔组织病近缘性疾病重叠的患者，则应遵循相重叠的两个原发病的治疗原则，既针对疾病本质进行免疫抑制治疗，也应注意对病变器官的对症处理。对各型重叠综合征病人进行生活指导，如防止受寒，避免感染和疲劳等，均很重要。
