直肠脱垂的治疗依年龄、严重程度的不同而不同，主要是消除直肠脱垂的诱发因素；幼儿直肠脱垂以保守治疗为主；成人的黏膜脱垂多采用硬化剂注射治疗；成人的完全性直肠脱垂则以手术治疗为主。
1.一般治疗幼儿直肠脱垂有自愈的可能，应注意缩短排便时间，便后立即将脱出直肠复位，取俯卧位，用胶布固定双臀等。成人也应积极治疗便秘、咳嗽等引起腹压增高的疾病，以避免加重脱垂程度和手术治疗后复发。
2.药物治疗将硬化剂注射到脱垂部位的黏膜下层内，使黏膜与肌层产生无菌性炎症，粘连固定。常用硬化剂为5%石炭酸植物油、5%盐酸奎宁尿素水溶液。对儿童与老人疗效尚好，成年人容易复发。
3.手术治疗成人完全性直肠脱垂的手术方法很多，各有优缺点和不同的复发率。
