人感染隐孢子虫后的临床表现取决于其免疫状况。在免疫功能正常者中，可无症状或仅表现为流感样、非炎症性胃肠炎。潜伏期一般为3～14天。临床特征为水样腹泻、乏力、食欲缺乏、恶心、呕吐、腹痛和肠痉挛，可伴低热。粪便无脓血和白细胞。腹泻多持续6～14天，长者可达4个月。在艾滋病和其他免疫缺陷患者中，常表现为持续性或间歇性严重腹泻，可导致重度脱水和体重锐减，偶尔可伴胆道炎。在艾滋病患者中，隐孢子虫病的致死率可高达30%以上，其中发生胆道感染者的病死率更高。
隐孢子虫病的临床表现不具特异性，常需要与其他肠道病原体引起的非炎症性腹泻相鉴别。例如，轮状病毒和产毒性大肠杆菌是急性非炎症性腹泻的主要病因，Norwalk 样病毒也可引起腹泻。在艾滋病和接受骨髓移植者中，腺病毒和柯萨奇病毒也可引起腹泻。
一、症状
潜伏期4～14天。
1.急性胃肠炎型 免疫功能正常的感染者多表现为急性胃肠炎。腹泻，每天4～10次，糊状便或水样，偶有少量脓血，可有恶臭。常伴上腹不适、疼痛，甚至恶心、呕吐。部分有发热。病程自限，多在2周内自然缓解。无复发，预后良好。
2.慢性腹泻型 主要见于免疫功能缺陷者，特别是艾滋病患者。起病缓慢，腹泻迁延不愈，水样便，量多，每天1～10余升不等，每天10次左右。偶有血性便，多伴腹痛，易发生脱水、酸中毒和低钾血症、维生素缺乏等。病程可持续3～4个月甚至1年以上，可反复发作。
根据流行病学资料、临床表现及实验室检查进行确诊。任何引起急慢性腹泻的疾病都应与之鉴别，特别是细菌感染性胃肠炎。
