1.粪便检查粪便镜检可见白细胞或脓细胞，但无红细胞，少有吞噬细胞。粪便中找到卵囊，一般用金胺-酚染色法进行筛查，可疑虫体时可用改良抗酸染色法，二者联用效果最理想。2.病原体检查收集患者粪便或呕吐物，查隐孢子虫卵囊是主要检测手段。可用直接涂片或浓集法，特殊染色检测。3.免疫学检查用酶联免疫吸附试验检测特异性抗体。IgM抗体出现早，但消失快，不易检测到；IgG抗体在感染后两个月左右出现，可持续1年余，适用于流行病学调查。免疫荧光试验（IFA）和单克隆抗体测定，敏感性和特异性均达100%。4.小肠黏膜活检必要时可小肠黏膜活检。
隐孢子虫病的诊断主要依靠检查粪便中的囊合子。应用最多的检查方法是直接涂片法，至少涂片两次。粪便浓集检查可提高检出率，可用于非急性感染和无症状感染者的检查。
观察囊合子的形态学特征时，可采用改良的抗酸染色法和囊合子特异的免疫荧光法。抗酸染色时，囊合子红染，这可与大小和形态类似的酵母菌鉴别，后者抗酸染色阴性。金胺‐罗丹明染色时，囊合子在显微镜下带有黄绿色荧光，此法可与抗酸染色法联合应用。此外，直接免疫荧光抗体染色法和多种ELISA 抗原检查法已经用于囊合子检查。直接免疫荧光法的敏感性和特异性均高，为隐孢子虫感染的一种很好的筛检方法。ELISA 法的敏感性为83%～95%，但可能漏诊轻症患者和无症状带虫者。
血清学检查方法包括ELISA 法和间接免疫荧光法，用于测定血清中的抗隐孢子虫IgM、IgG 抗体，对于隐孢子虫病的流行病学研究很有价值。
