绝大部分胃结核是继发性的，其原发病灶在半数以上患者为肺结核，其余则为肠结核、骨结核及附件结核等。感染侵入胃壁的径路可能为：①直接侵入黏膜；②经血液和淋巴管传播；③直接从邻近浸润蔓延；④在胃壁的其他病变如良性溃疡或恶性肿瘤上有结核菌的附加感染。
原发性胃结核极为罕见，胃结核多是继发于身体其他部位的结核病变，尤其是肺结核。按国外资料，临床所见的胃结核病人约50%同时有肺结核，但在肺结核的病人中胃结核的发病率并不高。根据肺结核病人的尸检资料，仅0.37%发现胃也有结核病变。一般认为肺结核病人吞咽的结核杆菌可以被胃酸杀死，而且完整的胃黏膜具有抵抗结核杆菌侵入的能力。如胃内存在着溃疡性病变，则结核杆菌容易侵入，所以，胃结核可与胃溃疡、胃癌同时存在，更增加了诊断和治疗的复杂性。胃感染结核的途径：①结核杆菌通过血液或淋巴液循环至胃黏膜下产生结核病灶；②从胃邻近器官的结核病灶直接蔓延而产生胃结核；③经常服用组胺H 2受体阻滞药或质子泵抑制药的病人，是由于组胺H 2受体阻滞药或质子泵抑制药引起的碱性环境有利于抗酸杆菌的生长，结核杆菌可经胃黏膜直接侵入胃。
胃结核常同时伴有胃大小弯、肠系膜、主动脉旁淋巴结结核，有时胃周围淋巴结融合成团块与胃壁紧密粘连。究竟胃壁结核是来自淋巴结结核的蔓延，还是淋巴结结核继发于胃结核，这两种情况都有可能，常不易确定。胃结核的病人也可同时患有腹膜结核、肠结核、胸膜结核、颈淋巴结结核、脊柱结核等。
