一般来说，凡能引起肾小球滤过膜损伤的因素都可以导致肾病综合征，根据病因可将其分为原发性和继发性，前者之诊断主要依靠排除继发性肾病综合征，原发性肾病综合征病因不明，研究结果提示免疫机制，尤其是细胞免疫变化可能和发病有关，此外脂代谢紊乱，凝血因子的变化及大量蛋白尿亦参与本病的发生，继发性肾病综合征常见病因有以下几类。
1.感染 ：
细菌感染，见于链球菌感染后肾炎，细菌性心内膜炎，分流肾炎，麻风，梅毒，结核，慢性肾盂肾炎伴反流性肾病等，病毒感染见于乙型肝炎，巨细胞病毒，传染性单核细胞增多症，人类免疫缺陷病毒，寄生虫感染见于疟原虫，弓形虫病，蠕虫，血吸虫病，丝虫病。
2.药物：
中毒、过敏 、有机或无机汞，有机金及银，青霉胺，二醋吗啡，丙磺舒，非甾体抗炎药，三甲双酮等药物，蜂蛰，蛇毒，花粉，疫苗，抗毒素等过敏。
3.肿瘤 ：
肺，胃，结肠，乳腺，卵巢，甲状腺等肿瘤，白血病及淋巴瘤，Willm瘤等。
4.系统性疾病：
系统性红斑狼疮，混合性结缔组织病，皮肌炎，舍格伦综合征，过敏性紫癜，淀粉样变等。
5.代谢性疾病 ：
糖尿病，甲状腺疾病。
遗传性疾病 先天性肾病综合征，Alport综合征，Fabry病，镰状细胞贫血，指甲-膑骨综合征，脂肪营养不良，家族性肾综等。
肾病综合征临床见症以水肿为主，故按中医水肿门而论，其发病总由外邪侵袭、内伤脾胃所致。其外因则以感受风寒湿邪为主。诚如《素问·水热穴论》曰：“勇而劳甚……传为胕肿……名曰风水。”《素问·气交变大论》：“岁水太过，寒气流行，邪害心火……甚则腹大胫肿”，“岁土太过，雨湿流行，肾水受邪……体重烦冤”。此外饮食劳倦，房室所伤，亦可诱发或加重本病。外因必须通过内因而起作用，故其内因当以内伤脏腑、脾肾虚损为主。《诸病源候论》曰：“水病无不由脾肾虚所为。”
张景岳云：“凡水肿等证乃肺脾肾相干之病，盖水为至阴，故其本在肾；水化于气，故其标在肺；水惟畏土，故其志在脾。”可见水肿之病理主要责之于肺脾肾三脏功能失调。肺脾肾三焦系人体气化系统，主水液代谢功能之调节，若风邪侵袭，肺失宣降，肺气闭塞，不能通调水道。脾肾虚损，水液不得运行和蒸化而致水肿，脾肾不能升清，精微下注，肾虚封藏失职，精微外溢，而产生蛋白尿及低蛋白血症。
水肿日久湿浊蕴结，阻滞气机，气滞不畅又可加重水肿。气滞亦可形成血瘀，瘀血又可加重气滞及水停，气血水三者交互搏击，互相转化，外邪也易乘虚而入，形成虚实夹杂交错的局面，以致病程缠绵，迁延难愈，邹澍云：“肾固摄精泄浊之总汇也。”若病久不愈，耗伤正气，肾之精气不足，气化不利，浊邪不泄，潴留体内，升降失司，三焦壅塞，外溢皮肤，内陷心包，动风迫血，变证蜂起，终致邪陷正虚，精气耗竭，内闭外脱，而生命垂危。
