1.胃肠道动力紊乱：肠易激综合征患者小肠消化间期移行性复合运动异常，周期明显缩短，空肠出现较多离散的丛集收缩波，且腹痛发作者中多数与之有关，这些变化在应激和睡眠中更为明显。
2.内脏感觉异常：研究发现

1.胃肠道动力紊乱：肠易激综合征患者小肠消化间期移行性复合运动异常，周期明显缩短，空肠出现较多离散的丛集收缩波，且腹痛发作者中多数与之有关，这些变化在应激和睡眠中更为明显。
2.内脏感觉异常：研究发现肠易激综合征患者多数具有对管腔（直肠）扩张感觉过敏的临床特征，其平均痛觉阈值下降，直肠扩张后的不适程度增强或有异常的内脏-躯体放射痛，提示脊髓水平对内脏感觉信号处理的异常。
3.精神因素：心理应激对胃肠道功能有显著影响，它在肠易激综合征症状的诱发，加重和持续化中起重要作用，相当一部分患者伴有心理障碍，其中以焦虑，抑郁为主。
4.肠道感染：部分肠易激综合征患者在发病前有肠道感染史，在由各种病原（包括细菌，病毒，寄生虫）感染引起的胃肠炎患者中有部分发生肠功能紊乱，有10%可发展为感染后肠易激综合征。
5.其他：部分肠易激综合征患者的症状与食物有关，可加重其症状，食物中的纤维发酵可能是过多气体产生的原因，此外，肠道菌群的紊乱可能也是产生症状的原因之一。
内脏小神经起于第10～11 胸交感节，穿膈肌而终于腹腔节。肠系膜下神经丛分布于结肠及直肠。由于脊柱椎间关节失稳，在姿势不良，疲劳过度，受寒冷或失眠烦躁等诱因下致胸椎错位，因而损害胸交感神经，受刺激使交感神经兴奋或受压迫使交感神经抑制而发病。从生理病理方面分析，一个自主效应器被去除神经后，它将对化学物质的敏感性越来越增加，称为去神经敏感性。胸椎及腰椎关节错位使交感神经节前纤维受到严重压迫，神经功能低下，肠壁细胞处于类去神经的内脏感觉过敏状态，或许多正常食物或某些刺激性食物显示过敏现象不耐受而致肠功能紊乱症状诱发加重（临床表现为副交感神经相对兴奋状态）。