肠扭转可分为原发性与继发性两类。
原发性肠扭转病因不清，并无解剖上的异常，可能与饱餐后，肠腔内有较多的尚未消化的内容物，当有体位改变明显的运动时，小肠因有重量下垂而不能随之同步旋转而造成。
继发性肠扭转是由于先天性或后天获得的解剖改变，出现一固定点形成肠袢扭转的轴心。但是肠扭转的产生常常是下列三个因素同时存在：
1.解剖因素 扭转肠袢的肠系膜过长，又因先天发育或粘连收缩使肠系膜根部附着在腹膜后处过于狭窄。故好发部位多为小肠、横结肠、乙状结肠和活动度大的盲肠。手术后粘连，梅克尔憩室、乙状结肠冗长，先天性中结肠旋转不全，游离盲肠等，都是发生肠扭转的解剖因素。
2.物理因素 在上述的解剖因素基础上肠管重量容量增加和肠管蠕动增强，如饱餐后，特别有较多不易消化的食物涌入肠腔内；或是肠腔有较多的蛔虫团；肠腔有较大的肿瘤，在乙状结肠内村急着大量干涸的粪便等，都是造成肠扭转的潜在因素。
3.动力因素 强烈的蠕动或体位的突然改变，使肠袢产生了不同步的运动，使已有轴心固定位置，且有一定重量的肠袢发生扭转。
肠扭转的病因分为内因、外因两部分。内因为解剖结构的异常。如小肠系膜过长或盲肠过分游离，使其活动度加大。外因多为促使扭转发生的诱因，如饱食后或便秘时肠道内容物增多，肠曲重量增大，此时如有剧烈运动常使肠曲扭转而不易复位。一般为肠管按其系膜的纵轴方向旋转180°以上。肠系膜中走行着供应该段肠管的动静脉，肠管扭转后首先静脉回流受阻、动脉血供亦减少，大量血浆及血液成分溢入肠腔造成低血容量，肠壁通透性增加，肠内细菌繁殖，毒素吸收，最终肠管坏死、感染造成低血容量及感染中毒性休克，最终导致死亡。
