最常见的并发症包括：肠梗阻、肠扭转、囊内出血、感染、破裂、囊肿扭转和恶性肿瘤，有报道恶变的几率为3%，但儿童中还没有恶性肠系膜肿瘤的报道。
1﹒腹膜炎
肠系膜囊肿和淋巴管瘤一样，可发生囊内感染。感染可逐渐向囊肿周围扩散致弥漫性腹膜炎；也可因轻微腹部损伤而引起囊内出血，再继发感染引起腹膜炎。
2﹒急性肠梗阻
肿物牵拉肠管可发生肠扭转，哑铃状肿物压迫局部肠管，临床上均可出现肠梗阻症状。
3﹒慢性复发性不全性肠梗阻
为肿物牵拉、扭转和压迫引起，腹痛和呕吐经常发作，经保守治疗，症状可缓解，但以后仍可经常发作。
肠梗阻;尿路梗阻;急性肠梗阻
