1.肛肠镜或乙状结肠镜检查
（1）急性直肠炎黏膜充血、水肿、出血、糜烂，表面有黄色脓苔或点状溃疡；
（2）慢性直肠炎黏膜肿胀、肥厚，表面呈粗糙颗粒，有少量黏液；亦可见充血、糜烂、溃疡以及假性息肉形成等。
2.涂片检查
疑有淋球菌感染者，可取患者尿道分泌物或宫颈分泌物，作革兰染色，在多形核白细胞内找到革兰阴性双球菌。咽部涂片发现革兰阴性双球菌不能诊断淋病，因为其他奈瑟菌属在咽部是正常的菌群。另外对症状不典型的涂片阳性应作进一步检查。
3.粪便检查
阿米巴痢疾可发现阿米巴滋养体。
4.培养检查
痢疾杆菌、淋球菌培养是诊断的重要佐证，只要培养阳性就可确诊。
5.抗体及毒素检测
血清抗体检测；毒素检测
直肠炎需与多种疾病相鉴别：溃疡性结肠炎、直肠癌。
1.结核性直肠溃疡
严重而广泛的肠结核可向下蔓延累及直肠形成溃疡，可发生脓血样大便。患者常伴有腹泻便秘交替、下腹疼痛、里急后重、食欲不振、体重减轻等症状。直肠镜检查可发现与癌性溃疡、性病性肉芽肿溃疡或慢性结肠炎相似的病变。此病的溃疡常侵及肛门黏膜及附近皮肤，溃疡分泌物可找到结核菌，患者多有肺结核病史，可与以上疾病相区别。X线钡餐、钡剂灌肠、病灶活体组织检查等也可协助诊断。
2.直肠息肉
结肠及直肠息肉是常见的良性肿瘤，临床上大多发生于直肠与结肠后壁，文献报道结肠及直肠息肉位于乙状结肠以上者占20%左右。结肠及直肠息肉在成年人及儿童皆不少见，大多数是单个腺瘤，少数为多个。小的息肉可无症状。有症状的息肉多较大，或为多发性，其主要症状是便血，多为间歇性，色鲜红，一般量不多，不与粪便相混。有些患者表现为慢性脓血样腹泻，易与痢疾、慢性结肠炎相混淆，但细心观察患者的大便，往往可见成形的粪便，一侧有凹陷压迹。
3.直肠癌
直肠癌是常见的恶性肿瘤，约70%发生于直肠上1/3和直肠与乙状结肠交界处附近。多见于30～70岁中、老年人，国内报道男多于女。直肠癌在华南地区占消化道癌的首位。有些临床医生认为便血是直肠癌的第一个症状，但此时癌往往已发展至相当程度。便血初期只有少量血液附着于粪便表面，以后随病情发展，便血量较多。患者逐渐出现轻度腹泻、里急后重、体重减轻、贫血等症状。粪便常混有脓液或黏液，有特殊腥臭味，与痔、慢性结肠炎、细菌性痢疾的便血不同；大便镜检无溶组织阿米巴滋养体，可与阿米巴性痢疾相区别。直肠癌入院时误诊最多者为痢疾。
