1.实验室检查
（1）CA125（癌抗原125）值测定 作为一种肿瘤相关抗原，对卵巢上皮性癌有一定的诊断价值。但在子宫内膜异位症患者，CA125值可升高，且随内膜异位症期别的增加，阳性率也上升，其敏感

1.实验室检查
（1）CA125（癌抗原125）值测定 作为一种肿瘤相关抗原，对卵巢上皮性癌有一定的诊断价值。但在子宫内膜异位症患者，CA125值可升高，且随内膜异位症期别的增加，阳性率也上升，其敏感性和特异性都很高，因此对于子宫内膜异位症的诊断有一定的帮助，同时可以监测子宫内膜异位症的疗效。
（2）抗子宫内膜抗体（EMAb） 抗子宫内膜抗体是一种以子宫内膜为靶抗原，并引起一系列免疫病理反应的自身抗体，是子宫内膜异位症的标志抗体。血清EMAb的检测为子宫内膜异位症患者的诊断及疗效观察的有效检查方法。
2.影像学检查
（1）B型超声检查 B型超声检查为妇产科常用的检查方法之一，且对妇产科疾病的诊断具有重要的作用。可确定囊肿的位置、大小、形状及发现妇科检查时未触及的包块。
（2）腹腔镜检查 借助腹腔镜直接窥视盆腔，见到异位病灶或对可见之病灶进行活检确定诊断，并可根据镜检的情况决定盆腔子宫内膜异位症的临床分期及确定治疗方案。在腹腔镜下应注意观察子宫、输卵管、卵巢、子宫骶骨韧带、盆腔腹膜等部位有否子宫内膜异位病灶。根据腹腔镜检查或手术所见情况，对子宫内膜异位症进行分期及评分。
（3）X线检查 可行单独盆腔充气造影、子宫输卵管碘油造影协助诊断盆腔子宫内膜异位症。
（4）磁共振成像（MRI） MRI可多平面直接成像，直观了解病变的范围、起源和侵犯的结构，可对病变进行正确的定位，对软组织的显示能力增强。因此，MRI诊断子宫内膜异位症及了解盆腔病变及粘连情况均有很大价值。

1.原发痛经：
早期的子宫内膜异位症易与原发痛经混淆，一般原发痛经的症状多发生于行经出血前，出血后数小时达高峰，一两天内消失，而子宫内膜异位症的疼痛常于经前开始，持续整个经期，甚至延至经后数日方消失。前者为下腹正中的疼痛，而异位症为钝性胀痛及坠痛，可在正中，也可偏于一侧，且常向直肠、会阴和腰背部放射。盆腔检查如发现小的触痛结节，则更有利于子宫内膜异位症的诊断。如临床无典型体征，可先按功能性痛经处理.必要时作腹腔镜检查。
2.子宫腺肌病：
此病周期性痛经明显，经血量多持续时间长。检查特点：子宫不规则增大、质较硬，B超有助于诊断。子宫腺肌病可与盆腔子宫内膜异位症并存。
3.卵巢肿瘤：
良陛卵巢囊肿检查一般比较活动，不伴痛经，宫旁无增厚，而卵巢巧克力囊肿多因粘连而活动受限，常有宫旁增厚，宫骶韧带或子宫后方可触及痛性结节。卵巢癌可发现附件区有粘连性囊肿，并有子宫直肠窝的种植结节，但一般无痛经，结节触痛不明显，病情发展快，年龄偏大，一般情况差，可伴有腹水。B超及血清CAl25(>100U/m1)检查有助于诊断，高度可疑者应尽早行腹腔镜检查确诊。
4.慢性盆腔炎：
慢性盆腔炎可有反复炎症发作史。结核性盆腔炎常伴有其他部位结核史，或有经量减少、色暗或淡，伴腰酸。子宫内膜病理显示炎性组织，但内膜结核病变较为少见，除非已属晚期。子宫内膜异位症常有痛经或痛性结节。子宫碘油造影显示输卵管通畅而无病变，以子宫内膜异位症可能性大，结核常显示输卵管的典型病变，如输卵管僵直、串珠样或有瘘管。异位症与结核于黄体期基础体温可显示有低热，需用其他方法鉴别，如结核菌素皮内试验。不育患者症状明显，而诊断困难者，应作腹腔镜检查确诊。
5.急腹症：
当卵巢巧克力囊肿破裂而出现急性下腹痛时，需与常见急腹症鉴别。前者有子宫内膜异位症病史，盆腔检查宫旁增厚，有触痛结节、囊肿有粘连、不活动、压痛明显，而急性盆腔炎多为双侧下腹痛，伴发热、白细胞计数增高或伴阴道炎性分泌物。卵巢囊肿蒂扭转时，盆腔检查囊肿活动、有压痛，常为一侧性，无宫旁增厚或结节。宫外孕多有停经，不规则阴道出血，附件区可有包块，妊娠试验阳性是其特征。急性阑尾炎有转移性右下腹痛，胃肠道症状、呕吐、发热、白细胞高、麦氏点压痛等症状。以往病史，后穹窿穿刺，B超检查及腹腔镜检查的选择应用均有助于鉴别诊断。