脑结核瘤的治疗多主张先采用药物治疗4～8周，再通过CT或MRI复查，若症状不改善，结核球不缩小，再考虑手术切除。药物治疗抗结核药物的选择原则与结核性脑膜炎相同，即异烟肼、利福平、乙胺丁醇和链霉素联合应用，多能获得理想的疗效。常规治疗方案：以异烟肼为主联合链霉素、利福平或乙胺丁醇，或异烟肼、利福平和乙胺丁醇三联疗法，如经治疗后症状好转，3个月后可改为异烟肼和乙胺丁醇二联疗法，总疗程为1.5～2年。二线抗结核药物有吡嗪酰胺、对氨基水杨酸、乙硫异烟胺、环丝氨酸、卡那霉素、丁胺卡那霉素（阿米卡星）等。由于抗结核治疗的耐药情况有逐渐增加的趋势，因而采用3～4个一线药物联用或一、二线药物合用。在治疗过程中个别病例在症状改善的同时，反而出现病变体积增大，并伴有表浅淋巴结增大，称为“反常性膨胀”，出现这种情况时治疗方案可以不变，只需停用激素，但有时这种情况可持续1年左右。
