良性黑棘皮症可见于身体状况良好的人群，尤其是深色皮肤的非裔人士。但大多数情况下患者往往伴有肥胖、糖尿病或激素水平异常等。黑棘皮症的主要病因如下：

1、肥胖

常由肥胖导致的黑棘皮症又称为肥胖型黑棘皮症。肥胖可导致胰岛素抵抗（身体无法正常使用胰岛素），及可导致血液中胰岛素过高，从而影响皮肤细胞。胰岛素抵抗可引发2型糖尿病。因此黑棘皮症的出现，有可能是糖尿病的早期体征，提示患者已罹患糖尿病。 

2、常见临床综合症及激素问题

黑棘皮症有时与一些临床综合症或激素异常有关，常伴发黑棘皮症的疾病有：（1）多囊卵巢综合症。患此症的女性卵巢功能异常，性激素水平异常，导致患者体毛过多、经期不规则、不孕、痤疮和体重增加。

（2）库欣综合征 。又称皮质醇增多症，主要表现为满月脸、向心性肥胖、痤疮、紫纹、高血压、继发性糖尿病和骨质疏松等。

（3）肢端肥大症

机体分泌过多的生长激素，导致身体组织过度生长。

（4）甲状腺机能减退（也称甲减）

甲状腺产生激素不足，可导致机体疲劳和体重增加。此种黑棘皮症也称为症状性黑棘皮症。

3、药物影响

有时黑棘皮症的发生发展受药物激发，包括胰岛素、皮质类固醇、生长激素和避孕药的使用。此种黑棘皮症也被称为药物诱导或药物性黑棘皮症。

4、基因因素

很少一部分黑棘皮症可能由缺陷基因引起，直接由父母遗传，也称作家族性或良性黑棘皮症。此种遗传性疾病通常是常染色体显性遗传，换而言之，若父母其中一方带有缺陷基因，即可遗传给子代。

5、癌症

若黑色皮疹出现突然，并扩散过快则可能与内脏肿瘤有关（通常为胃癌），也称作恶性黑棘皮症。此类黑棘皮症皮疹相对严重，可波及口腔、舌头和唇部等处，同时皮肤可能伴发炎和瘙痒。