阿米巴分迪斯帕内阿米巴和溶组织内阿米巴两种病株，其中溶组织内阿米巴具有致病性，是引起阿米巴肝脓肿的病原体。溶组织内阿米巴有滋养体及包囊两期，滋养体以往将其分为小滋养体与大滋养体，前者寄生于肠腔中，称为

阿米巴分迪斯帕内阿米巴和溶组织内阿米巴两种病株，其中溶组织内阿米巴具有致病性，是引起阿米巴肝脓肿的病原体。溶组织内阿米巴有滋养体及包囊两期，滋养体以往将其分为小滋养体与大滋养体，前者寄生于肠腔中，称为肠腔共栖型滋养体；在某种因素影响下，其侵入肠壁，吞噬红细胞转变为大滋养体，称为组织型滋养体，是阿米巴肝脓肿的致病形态。

阿米巴原虫在肝内，从一开始便引起灶性损害，炎症反应轻微为其特点。原虫在门静脉分支内因栓塞、溶组织及分裂作用，造成局部液化性坏死而形成脓肿。自原虫侵入肝脏至脓肿形成，平均需1个月以上。脓肿中央为一大片坏死区，呈巧克力酱样，含有溶解和坏死的肝细胞、红白细胞、脂肪、夏科‐莱登晶体及残余组织，质黏稠或稀薄。脓肿初起无明显的壁，其边缘碎屑中可查见滋养体。为时较久的脓肿有多少不一的结缔组织形成的壁。脓肿以外的肝脏正常。阿米巴肝病从不导致肝硬化。慢性脓肿常招致大肠埃希菌、葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、肠球菌、产气肠杆菌、产碱杆菌等继发感染。如有穿破，则感染率更高。感染后脓液呈黄色或黄绿色，有臭味，白细胞及脓细胞数量增多。脓肿形成使肝脏肿大，包膜紧张而引起肝区疼痛。
脓肿部位以肝右叶顶部居多，因阿米巴肠病好发于右侧结肠，该处血流进入肝脏右叶，尤其是右叶顶部。肝脓肿向上增大，往往与膈肌粘连，使右侧横膈抬高，运动受阻，反应性胸膜炎及右下肺受压，故疼痛每随呼吸或咳嗽增剧，并可放射至右肩部。脓肿亦可发生于肝脏其他部位。脓肿数目各家报道不一，因原虫经门静脉血行播散，故早期以多发性小脓肿较为常见，以后互相融合而形成单个大脓肿。如不及时治疗，脓肿可逐渐增大，并向周围器官或组织穿破而引起相应的症状。