门静脉血栓形成的病因很复杂，主要有炎症性、肿瘤性、凝血功能障碍性、腹腔手术后、外伤性及原因不明性等。1.门静脉高压症多因各种病因的肝硬化及充血性脾大所致。主要是由于门静脉压力升高，造成门静脉及

门静脉血栓形成的病因很复杂，主要有炎症性、肿瘤性、凝血功能障碍性、腹腔手术后、外伤性及原因不明性等。1.门静脉高压症多因各种病因的肝硬化及充血性脾大所致。主要是由于门静脉压力升高，造成门静脉及其属支的向肝性血流的减少和血流速度的减慢造成涡流，而致血小板堆积形成血栓。2.腹腔感染为肠道感染性病灶的细菌进入门静脉系统所引起，如新生儿脐炎、脐静脉脓毒血症，成人常见的有急性阑尾炎、胰腺炎、胆囊炎、小肠炎性病变、腹腔盆腔脓肿及腹部术后感染等。3.腹部手术及外伤各种腹腔的手术均可导致门静脉系统的血栓形成，特别是脾切除术后最常见，可能与术后血小板增多和血液黏稠度升高有关。脾切除术后门静脉血流量减少，门静脉压力下降加速了血栓的形成，此外，术后扩张的脾静脉内血流缓慢，在高凝状态下又促成了脾静脉血栓形成。4.血液高凝状态腹部肿瘤，特别是结肠及胰腺的肿瘤，常伴有门静脉系统的高凝状态，可导致血栓形成。近年来还发现遗传性凝血功能紊乱也参与门静脉血栓的形成，包括蛋白C、蛋白S和抗凝血酶缺陷等。5.肿瘤等压迫门静脉肿瘤（如胰腺肿瘤、肝细胞癌）压迫，肠扭转等导致门静脉系统血流受阻，致门静脉血栓形成。6.其他原因包括原发性小静脉硬化，脾静脉或肠系膜静脉血栓的蔓延，部分患者有长期服用避孕药史，少见的因素有各种充血性心力衰竭、红细胞增多症等。7.原发性门静脉血栓形成少部分肝外门静脉栓塞尚无明确病因。可有四肢深静脉血栓形成或游走行血栓性静脉炎病史。

门静脉主干及其根部的血栓，占门静脉血栓的50%以上，另有一部分为门静脉、脾静脉、肠系膜静脉均有血栓形成。门静脉血流来自于脾静脉、肠系膜上静脉、肠系膜下静脉等。门静脉主干阻塞，将导致门静脉系统压力升高，血流经胃冠状静脉、食管静脉至奇静脉及半奇静脉，最后注入上腔静脉，由此而出现食管下段静脉曲张。当脾静脉血栓形成时，脾静脉及其属支血流经胃网膜左静脉、胃短静脉至胃左静脉，最后注入门静脉。如果此时无肝内门静脉阻塞，门静脉主干的压力可以正常，患者可表现为胃底静脉曲张，而无食管下段静脉曲张，这种情况亦称作区域性门静脉高压。单纯肠系膜上静脉及肠系膜下静脉阻塞少见，由于侧支循环丰富，亦较少引起出血。
肝内门静脉阻塞，常伴有肝脏结构及功能受损，肝静脉嵌塞压升高。肝外门静脉阻塞时，肝脏结构及功能均可正常，肝静脉嵌塞压可在正常范围。