1.高血压高血压在腔隙性脑梗死患者的发病率为45%～90%。长期高血压造成脑内小动脉血管壁变性，使得管腔变窄，在某种血流动力学因素或血液成分变化的诱因下发生小动脉的闭塞。腔隙性脑梗死最常见的原因是高血

1.高血压高血压在腔隙性脑梗死患者的发病率为45%～90%。长期高血压造成脑内小动脉血管壁变性，使得管腔变窄，在某种血流动力学因素或血液成分变化的诱因下发生小动脉的闭塞。腔隙性脑梗死最常见的原因是高血压动脉硬化，尤其是慢性高血压超过21.3/12.7kPa（160/95mmHg）时。且舒张压升高对本病的影响作用更明显。
2.动脉硬化腔隙性脑梗死与动脉硬化紧密关联。有观测证实基底节、内囊区腔隙病灶的供血动脉有严重的脑动脉硬化改变，即节段性的动脉结构破坏、纤维素样坏死或血管坏死。也有人发现髓质动脉中明显的改变是管壁的透明样变，及血管管腔的狭窄，各脑区腔隙性梗死的频度与动脉硬化的程度成正比。
3.糖尿病糖尿病可导致远端肢体、肾脏、视网膜、周围神经和脑神经的小动脉梗死性病变，糖尿病时血的凝固性和黏度增高、血小板黏附性增强，但糖尿病对脑的小血管病变的作用尚未明确定位。流行病学调查结果表明，糖尿病是卒中的危险因素之一，但尚缺乏糖尿病和腔隙性脑梗死有联系的证据。研究也仅确认糖尿病与多发性的腔隙性脑梗死有关，而与单发的无关。
4.栓子
（1）心源性栓子 风湿性心脏病或非风湿性心脏病的附壁栓子脱落。
（2）动脉源性栓子 包括有或无溃疡的动脉粥样硬化、纤维肌肉性血管病、夹层动脉瘤的血栓脱落。尤其是升主动脉、颈动脉中粥样硬化斑脱落形成的栓子，是引起腔隙性脑梗死的重要原因之一，已引起越来越多的关注。
5.其他因素高脂血症、高黏血症、吸烟、饮酒和脑局部血流改变等因素对腔隙性脑梗死的发生也有一定影响。

脑穿通动脉多以直角从脑内主干动脉分出供应大脑半球深部白质、核团和脑干，这些动脉多为终末动脉，侧支循环差，当高血压致这些小动脉硬化、狭窄、血栓形成或脱落的栓子阻断其血流，引起其供血区的梗死，导致相应的临床表现。影像检查多可显示最大直径小于1.5c m的小梗死灶。
在西方国家，无症状的腔隙性脑梗死灶多由脂质透明样变引起的闭塞所致，常见的管径是＜100μm。有症状的腔隙性脑梗死灶最可能由小的动脉粥样硬化所致，管径在400μm 左右。
一些病例，特别是基底动脉穿通支闭塞，可能由于穿通动脉被邻近动脉的粥样硬化斑块所阻塞，心源性栓塞的可能性是存在的。单纯根据腔隙综合征（L ACS）不能分辨闭塞的动脉是前循环还是后循环（以往多认为在前循环）。小的深梗死是某些脑干综合征的常见原因（常为纯运动性轻偏瘫加上单一脑神经损害或眼球运动障碍）。