伤寒病由沙门菌属伤寒杆菌所引起，经口进入肠道，侵入距回盲部100cm的末端回肠的淋巴滤泡和淋巴集结，引起炎性水肿。细菌繁殖后菌性分解产生内毒素经淋巴进入血液而引起全身症状。在发病的第二周起肠壁上的淋巴集结开始发生坏死，坏死组织脱落即形成溃疡，溃疡多位于肠管的肠系膜对侧，当肠腔内压力增高时，可引起急性穿孔。个别病例的穿孔可发生在空肠、阑尾、盲肠等处。溃疡侵蚀血管也可引起肠道出血。
伤寒是人食用了被伤寒杆菌污染的水或食物引起的。伤寒杆菌如果在胃内未被胃酸消灭，即进入小肠，并侵入下端小肠黏膜的淋巴滤泡和淋巴结内，并在该处生长繁殖，引起肠黏膜炎症、水肿。细菌产生内毒素，内毒素经淋巴进入血液，引起伤寒病的初期症状。在起病2～3周时，肠壁黏膜发生坏死、脱落而形成溃疡。溃疡呈椭圆形，长径与肠管长轴平行，多位于肠系膜对侧肠壁。溃疡深浅不一，一般只达黏膜下层，也有深达肌层和浆膜的。当肠腔内有积气，压力增高时，可以发生急性穿孔。
由于回肠末端淋巴组织丰富，溃疡多发生在此处，穿孔也绝大多数（80%）发生在距回盲瓣50cm以内。个别可发生在空肠、阑尾和盲肠。穿孔大多为单个，个别患者可多发，一般为2～4个，也有多到10个以上的。穿孔直径多在5mm左右，很少超过1～2cm。
肠伤寒极少引起腹膜反应和粘连，因此穿孔后，即很快产生弥漫性腹膜炎，不被包裹局限。溃疡侵蚀血管时，可发生消化道出血。
