抽动秽语综合征的发病机制尚不清楚，基因缺陷可导致神经解剖异常及神经生化功能紊乱，多数学者推测本病与基底核，前额叶，边缘系统等部位神经元功能紊乱有关，其发病可能是遗传因素，神经生化代谢及环境因素，在发育

抽动秽语综合征的发病机制尚不清楚，基因缺陷可导致神经解剖异常及神经生化功能紊乱，多数学者推测本病与基底核，前额叶，边缘系统等部位神经元功能紊乱有关，其发病可能是遗传因素，神经生化代谢及环境因素，在发育过程中相互作用的结果。
病因包括坠落伤、挥鞭伤、扭伤和产伤等是造成寰枢椎关节半脱位或上颈段其他关节错位的主要原因。伤后1～2年后出现一些不自主的症状。
早期抽动是由于颈及头面部不适引起本体感觉异常兴奋传导出现的感觉性抽动。儿童上颈段损伤（多为寰枢椎损伤），由于儿童关节柔韧性好，血管、神经代偿功能强，所以短期内多不出现颈部不适，由于刺激了颈上交感神经节，会出现眼部及五官各部位的不适症状。如长时间的寰枢位置异常，可以导致颈段，甚至整个脊柱的力学紊乱和功能异常，从而出现躯干及四肢的不适。这样过多的本体感觉传入及刺激交感神经，表现为摇头、耸肩、挤眼、努嘴、嗅鼻、发哼声、清嗓音。
抽动秽语患者的不自主的触摸、摩擦、吸吮、嗅鼻、骨盆挺伸与猥亵行为可能是生殖行为的不恰当表现，秽语及暴发性喉音，如犬声、喘气声、含性内容的声音可能是生殖行为的不切实表现。有学者认为具有生殖功能的脑区位于边系统，与性行为有密切关系。颈上交感神经节受刺激，相应脑区血流量将减少，可能波及边缘系统，交感神经兴奋促使激素分泌，特别是性激素分泌，影响这些脑区的发育；交感神经兴奋、多巴胺系统亢进作用于边缘系统产生不自主言行。根据临床观察我国秽语及猥亵行为的发生率比国外低得多，这可能与传统教育、生活环境有关系。