1.病毒性肠炎病毒性肠炎见于犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬猫冠状病毒等引起的肠炎。在病毒性肠炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要病因，而诺瓦克病毒是成人和大龄儿童流行性病毒性胃肠炎的主要病因。
2.细菌性肠炎细菌性肠炎见大肠杆菌、沙门菌、耶尔森菌（引起小肠结肠炎）、毛样产芽胞杆菌、空肠弯曲杆菌、梭菌（犬出血性胃肠炎）等引起的肠炎。细菌性肠炎的致病菌以痢疾杆菌最常见，其次为空肠弯曲菌和沙门菌。
3.真菌性肠炎真菌性肠炎见组织胞浆菌、藻状菌、曲霉菌、白念珠菌等引起的肠炎。真菌性肠炎以白色念珠菌引起的最多。
4.寄生虫性肠寄生虫性肠炎见鞭毛虫、球虫、弓形虫、蛔虫、钩虫等引起的肠炎。寄生虫引起的肠炎以溶组织内阿米巴较为常见。
5.饮食导致的肠炎污染或腐败变质食物、刺激性化学物质、某些重金属中毒，以及某些变态反应等都能引起肠炎。
6.抗生素导致的肠炎滥用抗生素，导致肠道菌群失调，或出现耐抗生素菌株而引起的肠炎。
病原微生物通过各种途径进入消化道后，或侵犯黏膜上皮细胞，使其绒毛变短及脱落，导致小肠功能丧失；或使上皮细胞的酶活性发生异常改变，导致糖类、脂类等物质吸收障碍，引起肠腔内渗透压增高，使大量水分进入，而导致腹泻和呕吐。一些病原微生物还可产生各种肠毒素，一方面作用于小肠内皮细胞使其分泌亢进，另一方面作用于其他靶器官而引起发热、神经系统症状、全身中毒性表现及休克。
