１.细菌
（１）致泻性大肠杆菌:包括致病性大肠杆菌(EPEC)、产毒型大肠杆菌（ETEC）、侵袭型大肠杆菌（ELEC）、出血性大肠杆菌（EHEC）和粘附性大肠杆菌（EAEC）。
（２）空肠弯曲菌：人类

１.细菌
（１）致泻性大肠杆菌:包括致病性大肠杆菌(EPEC)、产毒型大肠杆菌（ETEC）、侵袭型大肠杆菌（ELEC）、出血性大肠杆菌（EHEC）和粘附性大肠杆菌（EAEC）。
（２）空肠弯曲菌：人类腹泻中约有3-4%由此菌引起，健康人带菌约1%，空肠弯曲菌肠炎好发于5岁以下儿童。
（３）鼠伤寒沙门氏菌：是感染性腹泻病的重要病原，近年来呈广泛流行，传染性强，症状严重，治疗困难，病死率高。
２.病毒
（１）轮状病毒：该病毒是引起婴幼儿腹泻的主要病原之一，估计全世界40%的感染性腹泻病多由轮状病毒所引起，因其多发生在秋冬寒冷季节，故亦称秋季腹泻。
（２）诺沃克(Norwalk)病毒:是成人与年长儿流行性非细菌性肠炎的主要病因。
（３）.肠腺病毒：可引起腹泻，正常人粪便中约5%亦能检测出该病毒，对于其在腹泻中的致病作用尚有争议。
３.其它：由于检测技术的提高，隐孢子虫感染的报道日渐增多，它是迁延性腹泻病的主要病原之一。白色念珠菌是真菌性肠炎的主要病原体，多发生于营养不良及长时期应用抗生素的患儿，腹泻易呈迁延性。