确切的病因尚未完全阐明。一般认为其溃疡的形成可能与下列因素有关。
１.缺血直肠脱垂黏膜的顶端嵌顿于肛管之上，加上外括约肌的强力收缩，可致黏膜压迫性缺血和坏死。大量脱垂时肠黏膜下血管伸展、破裂也可致缺血

确切的病因尚未完全阐明。一般认为其溃疡的形成可能与下列因素有关。
１.缺血直肠脱垂黏膜的顶端嵌顿于肛管之上，加上外括约肌的强力收缩，可致黏膜压迫性缺血和坏死。大量脱垂时肠黏膜下血管伸展、破裂也可致缺血。局部黏膜缺血常可形成溃疡。
２.损伤部分患者在排粪困难的情况下，自行以手指插肛以诱导排粪或复位脱垂的直肠时造成黏膜损伤，致溃疡形成。此外，孤立性直肠溃疡综合征还可能与肠道炎症、血管异常、细菌或病毒感染等有关。

孤立性直肠溃疡综合征，其溃疡多位于直肠前壁脱垂黏膜的顶端，溃疡多为单个，偶有多个；呈圆形或卵圆形或不规则形；溃疡大小不等，多数直径在2cm，大的直径可达5cm。显微镜下见：
1﹒黏膜固有层纤维组织增生，黏膜肌层被纤维组织代替，可突向肠腔。
2﹒腺上皮细胞变性、坏死或增生反应，黏膜下可见异位腺体。隐窝缩小，黏蛋白增多。
3﹒黏膜肥厚，黏膜下层有炎细胞浸润。