１.内镜检查
溃疡多数较浅，边界清楚，基底覆有灰白色坏死物，溃疡周围黏膜呈轻度炎症，可呈结节状。故可综合为四个典型表现：直肠腔内有黏液、血液、黏膜发红及水肿。
２.X线检查
（１）钡剂灌肠
显示直肠

１.内镜检查
溃疡多数较浅，边界清楚，基底覆有灰白色坏死物，溃疡周围黏膜呈轻度炎症，可呈结节状。故可综合为四个典型表现：直肠腔内有黏液、血液、黏膜发红及水肿。
２.X线检查
（１）钡剂灌肠
显示直肠狭窄、黏膜颗粒粗、直肠瓣增厚。
（２）排粪造影
有独特意义。孤立性直肠溃疡综合征行排粪造影检查，可发现直肠内脱垂、直肠前突，盆底痉挛、会阴下降、肠疝和直肠脱垂等变化。
３.直肠肛门测压和肌电测定
患者肛管静息压均无变化，肛管最大收缩压下降，做排粪动作时耻骨直肠肌反常收缩，肛门外括约肌单根纤维密度增加，阴部神经终末运动潜伏期延长。
４.病理检查
这是区别孤立性直肠溃疡综合征与肿瘤、炎症肠病及其确诊的惟一可靠依据。其特征性表现是黏膜固有层纤维闭塞，黏膜肌增厚并被纤维充填，肌层纤维化并增厚，可突向肠腔，黏膜下有异位腺体。

１.Crohns病
可累及胃肠道的任何部位，内镜下见节段性全壁炎;裂隙状溃疡(刀切样纵行溃疡);非干酪坏死性结节病样肉芽肿，X线造影见肠黏膜的鹅卵石样改变，肠壁因慢性炎症而增厚，引起管腔狭窄，若发生在肛管直肠部位，伴有腹泻，腹痛，便血或便秘等，易与SRUS混淆。
２.溃疡性结肠炎
病变呈弥漫分布，肠黏膜有多发性浅溃疡，形体各异，大小不等，附有脓血性分泌物，黏膜充血，水肿;黏膜粗糙呈颗粒状，质地脆，触之易出血;可见炎性息肉，活组织学可见炎性反应，糜烂，溃疡，隐窝脓肿，腺上皮增生及杯状细胞减少等变化，主要症状为腹泻伴有黏液脓血便。
３.直肠癌
孤立性直肠溃疡综合征与BorrmannⅡ型肠癌外观相似，前者直径多在3.0cm以内，边缘黏膜有弹性，光整，血管纹理清晰，后者边界不整，质脆硬，易出血，附有污垢苔，隆起型SRUS直径多在2.0cm以内，边界清，周边黏膜质地软，有弹性;直肠癌以隆起型多见，而直肠癌多呈不规则菜花状，涉及范围大，多在3.0cm以上，环绕肠壁生长，边界不清，肠腔狭窄常见。
４.AIDS
在AIDS患者中，常可有多种消化系统症状，主要缘于相关的胃肠道感染及肿瘤，侵及结肠者可表现腹泻，内镜下多为局灶性充血或有点状出血，偶见小泡囊或糜烂，严重者常可见散在分布的溃疡，肠道的卡波济肉瘤，淋巴瘤等，也可由于瘤体所致的肠梗阻或肠道黏膜溃疡而引起出血，HIV病原学检测，体检，结合病史及免疫缺陷等实验室资料的综合分析可明确诊断。
５.性病性淋巴肉芽肿
累及直肠时可产生溃疡，炎症，狭窄甚至出下梗阻等症状，病原学检测，体检及结合病史可以确诊。