假膜性肠炎是由两种菌群产生毒素致病。
1.难辨梭状芽胞杆菌难辨梭状芽胞杆菌是与抗生素相关的假膜性肠炎的重要发病原因，1935年由Hall等首先从婴儿的粪便中分离出来的细长的严格厌氧的革兰阳性杆菌。这种细菌是体内常驻细菌存在于正常人的肠道中。在未接受抗生素治疗的患者中，难辨性梭状芽胞杆菌数量仅占厌氧菌的2%～3%，细菌产生的毒素少，甚至不产生对人体致病的毒素。人群中难辨梭状芽胞杆菌的检出率为5%～13%，正常情况下这些细菌互相制约，不能大量繁殖，也不会导致发病。长期使用大量抗生素，能抑制肠道内各类细菌的生长，不受抗生素影响的耐药性难辨梭状芽胞杆菌则迅速繁殖，大便中的难辨梭状芽胞杆菌可高达厌氧菌的10%～20%，产生大量的外毒素，引起黏膜坏死、渗出性炎症伴假膜形成，在所有假膜性肠炎的大便中都几乎可找到这种外毒素。
2.凝固酶阳性的溶血性耐药金黄色葡萄球菌当使用大量广谱抗生素后（如土霉素、氯霉素、四环素、氨苄青霉素、先锋霉素等）抑制了肠道内包括大肠杆菌在内的各种菌群，耐药的金黄色葡萄球菌则大量繁殖产生外毒素，导致假膜性肠炎的发生。把这类患者的粪便涂片做革兰染色可找到成堆的球菌，如将这种细菌产生的毒素给动物注射也可以发生假膜性肠炎。
（一）病因
正常人的结肠菌群有很强的抵御难辨梭状厌氧芽孢杆菌感染的能力，但是，在抗生素如氨苄青霉素、氯洁霉素、头孢菌素和氨基糖苷类抗生素以及这些类药物的联合应用下，可引起结肠微生态菌群改变，为难辨梭状厌氧芽孢杆菌的定植创造了条件，进而造成难辨梭状厌氧芽孢杆菌性结肠炎。难辨梭状厌氧芽孢杆菌可产生两种毒素，肠毒素（毒素A）和细胞毒素（毒素B），使肠壁出血坏死，液体蓄积，细胞毒素可直接损伤肠壁细胞，造成假膜性肠炎。在该病中毒素A 起主要作用。
（二）病理
病变可发生在小肠或结肠或两者皆有，偶有报道在胃和食管见有伪膜病变者。病变常呈病灶性分布，而非连续性病变，病灶周围是相对正常的肠粘膜，出现这一现象的原因仍不清楚，可能是毒素受体的不均匀分布及难辨梭状厌氧芽孢杆菌菌群对粘膜上皮的非均匀粘着所致，后者也使毒素的释放呈局灶性。病理变化在粘膜及粘膜下层。轻者只有粘膜充血水肿，表面有点状或斑块状黄色、灰色突起。严重者粘膜有广泛糜烂和灶状坏死，其上有一层由坏死组织、纤维蛋白、炎性细胞、红细胞、粘液和细菌组成的假膜覆盖，假膜呈片状分布，黄绿或棕色，质软而易脱落，剥脱后可显露出粘膜的溃疡面。浆膜面较完整，重者可充血。镜下所见：病变轻者有粘膜充血，粘膜腺管扩张，含有多量稠厚的粘液，病变重时绒毛和粘膜顶部有不同程度的坏死和消失，重者有大片粘膜坏死，坏死粘膜和渗出物中有大量阳性球菌。粘膜下层有炎性细胞浸润。浆膜层很少受累，但也可有肠壁全层坏死、穿孔者。
