非特异性尿道炎诊断并不困难，根据临床表现即可确诊。为了适应治疗的需要，在诊断过程中必须明确下面几个问题：①尿道炎的诱因；②尿道炎的病原菌；③病变范围；④病变阶段。为了达到这些诊断要求，应当根据病人的具体情况，进行下列检查：
1﹒在询问病史时，应当注意对发病诱因的探索。导尿、外伤等诱因比较容易发现。性交往往是女性尿道炎的诱因，男性非特异性尿道炎与性交关系不大。尿道异物，多由病人自己放入，病史很重要。尿道结石多有肾绞痛史及排尿疼痛、血尿史，并有排尿困难。慢性前列腺炎所致的尿道炎，有慢性前列腺炎的症状，通过前列腺液检查，可以明确。
2﹒尿道分泌物涂片革兰染色。对于病史不清、诱因不明者，为了排除淋菌性尿道炎的可能性，应作该项检查。淋病患者常常隐瞒病史，给诊断造成困难，尿道分泌物涂片革兰染色对淋菌性尿道炎的诊断简便可靠。
3﹒尿常规及尿三杯试验 尿道炎尿常规可发现脓细胞、白细胞及粘液丝。急性前尿道炎行尿三杯试验，初尿尿液混浊，有大量脓细胞、白细胞等，中尿及终尿正常；后尿道炎则初尿及终尿均混浊，有白细胞及脓细胞，而中段尿正常。
4﹒中段尿细菌培养 尿道炎多为阴性，若细菌数在10万以上／ml，表示同时有膀胱或（及）上尿路感染。
5﹒在急性期禁忌行尿道内器械检查及内镜检查，以免感染扩散。慢性尿道炎可用这些检查明确尿道炎的诱因，如尿道狭窄、后尿道瓣膜等。慢性尿道炎在尿道镜下，可以看到粘膜水肿、充血、溃疡等。前列腺炎引起者，可看到前列腺管附近有脓性分泌物。
6﹒必要时可行尿道造影。
7﹒应与淋病、非淋菌性尿道炎及滴虫性尿道炎等鉴别，根据病史及尿细菌学检查，不难做出鉴别诊断。