１.直接镜检
取痰、支气管镜吸出物、甲屑、耵聍、脓、尿及活检组织等标本，用10%KOH制片后镜检，可见分枝分隔的菌丝及小孢子。
２.培养
在葡萄糖蛋白胨琼脂和察氏培养基上，25～28℃孵育下生长迅速，菌落可表现为绒状、絮状、绳状或束状，表面大多数为蓝色或灰绿色，基质可有各种颜色。马内菲青霉菌可产生红色色素。
３.动物接种
马内菲青霉菌对小鼠敏感，可取菌落盐水混悬液0.5ml作腹腔注射，杀死小鼠后取肺、肝、脾培养，可有马内菲青霉菌生长。局部切片作PAS染色，可见圆形或卵圆形酵母细胞。
与曲霉病相鉴别：在组织内，青霉菌表现为分枝分隔的菌丝，与曲霉菌甚为相似。因此，取活检组织进行分离培养，在鉴别诊断上有重要意义。
