表层巩膜炎的充血和水肿仅局限在巩膜表层，不累及其下的巩膜，通过裂隙灯光束可清楚辨认。
根据上述临床表现一般可作出诊断。本病需和结膜炎和巩膜炎相鉴别。
结膜炎无局限性、充血性质为由角膜缘向穹隆部逐渐明显，其睑结膜也受累。泡性结膜炎易与结节性表层巩膜炎混淆，结节性表层巩膜炎的结膜在结节之上滑动，而泡性结膜炎病变则发生于结膜本身，另外，泡性结膜炎可形成浅表溃疡。
表层巩膜炎可被误诊为巩膜炎，其临床鉴别要点为：表层巩膜炎其下巩膜没有炎症和水肿，结节可移动。自然光线下表层巩膜炎为鲜红色充血，而巩膜炎为紫红色充血。局部滴用10%苯肾上腺素可使浅层结膜血管和巩膜浅层毛细血管收缩，但不能收缩巩膜深层血管。如果血管走形迂曲，应怀疑巩膜炎的可能。根据以上要点，从而鉴别表层巩膜炎与巩膜炎。
