1.病原学检查（1）咽拭子、痰液、支气管肺泡灌洗液、胸腔积液、血液等直接涂片镜检或作革兰染色、Iemsa染色或PAS染色，标本中发现芽生孢子及假菌丝和菌丝有诊断价值。（2）因正常人咽喉部可带菌，痰培养3次以上阳性才有一定的诊断意义。（3）经纤支镜保护性毛刷（PSB）采样培养较为可靠。由于菌血症持续时间短，故血培养阳性率较低。2.组织病理学检查纤维支气管镜活检或经皮肺活检，组织病理学检查有念珠菌菌丝侵入证据可以确定诊断。3.免疫学检查免疫学检测抗甘露聚糖抗体、敏感性和特异性均不理想，重症患者、免疫功能缺陷者常出现假阴性。检测念珠菌抗原主要有甘露聚糖抗原、47KD抗原、热不稳定抗原，但念珠菌属不同种之间存在共同抗原，且人血清中某些蛋白成分与念珠菌的抗原具有相似的抗原决定簇，有待进一步提高敏感性和特异性。4.影像学检查支气管肺炎型胸部X线显示两肺纹理增深,两肺中下肺野弥漫性斑点状、小片状阴影。肺炎型X线表现为片状、结节状浸润，可波及整个肺叶，可有肺门或纵隔淋巴结肿大，也可呈肺水肿表现，阴影短期内变化较大。血源性多表现为多发性边缘不清的粟粒状结节影，随病情进展，粟粒状病灶可融合成大小不等小结节。
确诊需要组织学诊断和微生物学诊断。诊断依据：①有念珠菌感染高危因素；②咳嗽、咳白色黏液痰或脓痰，痰多呈胶冻样、黏稠，可抽出长丝，偶带血丝；③口咽部见覆盖点状白膜，肺部可闻及干湿啰音；④胸片、CT可见小片状或斑点状阴影，部分可重合；⑤痰连续多次培养出同一菌种念珠菌或直接镜检发现大量假菌丝或菌丝和成群芽胞；⑥环甲膜穿刺吸引或纤支镜取下呼吸道分泌物、肺组织、胸腔积液等培养出念珠菌；⑦肺组织病理学阳性。
