１.脑脊液检查
可见单个核细胞数增多，蛋白轻至中度增多，糖和氯化物多正常。
２.病原学检查
临床常采用血清学检测特异性抗体，病原学检查可用显微镜直接镜检，查找弓形虫滋养体、包囊，分离弓形虫，活体组织检查等。
３.CT或MRI检查
可能提示脑炎，脑内异常增强的占位性病变。
１.病毒、螺旋体、真菌及其他寄生虫引起的脑膜炎
这些病原体引起的脑膜炎与弓形虫性脑膜炎的临床表现非常相似，单靠脑脊液常规检查，难以鉴别；须通过动物接种分离病原体，并结合免疫学检查以进行鉴别。
２.传染性单核细胞增多症
传染性单核细胞增多症和弓形虫病容易混淆，约有10%弓形虫病误诊为传染性单核细胞增多症。首先两者均可引起普遍性淋巴结肿大，最明显的是颈部淋巴结肿大；其次，两者均可出现发热及斑（丘）疹皮疹，临床上可以类似伤寒或斑疹伤寒；最后，两者末梢血象均可显示白细胞轻度增高、正常或低于正常，白细胞分类计数示淋巴细胞增多，其中均可出现异常淋巴细胞；两者在淋巴结肿大同时均可出现黄疸或中枢神经系统症状等。两者主要鉴别点是传染性单核细胞增多症的异型淋巴细胞常占细胞总数10%以上，无嗜酸性粒细胞增多现象，而弓形虫病的异型淋巴细胞常在细胞总数15%以下，可能有轻度嗜酸性粒细胞增多。传染性单核细胞增多症患者，血清嗜异性凝集滴度达1∶64或更高，而弓形虫病患者无嗜异性凝集抗体。
３.淋巴结结核
以颈淋巴结结核为最常见。主要侵犯颌下、颈前区沿胸锁乳突肌前缘等部位的淋巴结。弓形虫性淋巴结炎的好发部位也以颈部为多见。两者有部位类同的特点。淋巴结结核常为一侧性，可以软化后变为冷性脓肿，可向外穿破而遗留瘘管，结核菌素试验常呈阳性反应，而弓形虫性淋巴结炎发展缓慢，肿大程度常不至于出现压迫症状。淋巴结穿刺涂片、淋巴结印片及淋巴结活组织检查，以及弓形虫血清学试验等，对确诊和鉴别诊断有决定性意义。
４.脉络膜视网膜炎
在各年龄组中约35%的脉络膜炎是弓形虫感染所致，特征性损伤为眼底局灶坏死性脉络膜炎。常见症状为视力模糊、盲点、怕光、疼痛、溢泪、中心性视力缺失等。当怀疑新生儿先天感染弓形虫时，应例行眼科检查。炎症消退后视力可改善，但不完全恢复，可有玻璃体混浊。由于弓形虫性眼病在临床上缺乏特征性改变，因此和其他病因所致的眼病，在临床鉴别诊断上比较困难。弓形虫性眼病的诊断不能单纯以眼部或眼底变化为依据，而必须结合流行病学资料、弓形虫病的其他临床征象、淋巴结或组织检查、弓形虫特异性血清试验等，在综合分析的基础上才能确诊。
５.急性阑尾炎
世界卫生组织（1969年）报告，临床上无法解释的淋巴结肿大病例中，约有15%是由弓形虫感染引起的。肿大的淋巴结除体表者外，深部亦可被侵犯，但是常常不易及时诊断出来。肺门、主动脉、气管、支气管等处的淋巴结肿大并不罕见，借助于X线检查可以发现。如肠系膜或腹后壁的淋巴结肿大，急性炎症时会发生剧烈腹痛，常常被误诊为急性阑尾炎，剖腹手术时才发现诊断错误，经从摘除的淋巴结标本中分离出弓形虫才得以确诊。
