手足口病为自限性疾病，并无特效治疗手段，故在其自然病程期间应该予以支持治疗。支持治疗包括：

大量饮水，避免脱水，可予以水或牛奶；

对于哺乳期的幼儿，可予以少量多餐的方式喂养母乳或奶粉；

对于大一些的婴儿，可予以较软的食物如土豆泥，酸奶和汤汁，避免引起吞咽疼痛，此外，也要避免喂食过热、酸性或辛辣的食物和饮料。

可口服非处方止痛药（如扑热息痛或布洛芬等），用以缓解咽喉疼痛和发热，需注意的是，16岁以下儿童禁止服用阿司匹林，对于怀孕的患者的抗炎镇痛最好使用扑热息痛。对于较大的儿童可以使用温咸水漱口从而缓解口腔溃疡的不适，但对于较小的儿童，使用温盐水漱口可能会导致误吞，故可用口腔凝胶，漱口剂或口腔喷雾剂缓解口腔溃疡疼痛，在一般药店均可买到以上药品，但有的药品可能不适用于婴幼儿，故购买前请咨询药剂师，使用前请仔细阅读说明书。由于手足口病可通过消化道，呼吸道及接触传播，故患病的无论是幼儿或成人，均应与人群隔离，在疾病痊愈一周后才可正常上学或工作。手足口病为自限性疾病，且目前尚无针对该病的特效药，故医生常常仅予以小儿对症支持治疗及护理，症状通常会在7到10天内自行好转，抗生素仅仅在手足口病继发细菌感染时有效，故抗生素不为常规治疗手段，如果对于小儿症状有所疑虑，请及时门诊就诊。

大多数手足口病患者病情轻微，但少数病例（尤其是小于3岁者）病情进展迅速，在发病1～5天左右出现脑膜炎、脑炎（以脑干脑炎最为凶险）、脑脊髓炎、肺水肿、循环障碍等情况，故当患者出现以下症状时，需要立即就医：

小儿不愿意或不能喝水且出现脱水迹象（意识障碍，少尿或无尿，眼窝凹陷，囟门凹陷，手足冰凉）；

癫痫发作，惊厥、谵妄，反应迟钝甚至意识丧失；

3岁以下的小儿体温达38℃以上，或三至六个月大的小儿体温达到39℃以上；

皮肤极度红肿疼痛，伴流脓；

7-10天的自然病程过后病情未好转甚至加重。通常来说，怀孕期间的感染不会对胎儿造成影响，但临近分娩前感染可能会导致胎儿感染，故怀孕的患者请咨询专科医生。