１.肺念珠菌病
轻症患者在消除诱因后，病情常能逐渐好转，病情严重者则应及时应用抗真菌药物。氟康唑首剂加倍，病情重者可加大剂量。两性霉素B亦可用于重症病例，但毒性反应大，临床上应根据患者的状态和真菌药敏结果选用。
２.肺曲霉病
侵袭性肺曲霉病、气管支气管曲霉病、慢性坏死性肺曲霉病治疗可选用伏立康唑，也可选用两性霉素B、棘白菌素（卡泊芬净和米卡芬净）等。可根据患者病情的程度、对治疗的反应、基础疾病或免疫状态个体化给予。
曲霉肿的治疗主要预防威胁生命的大咯血，如条件许可应进行手术治疗。支气管动脉栓塞可用于大咯血的治疗。支气管内和脓腔内注入抗真菌药或口服伊曲康唑可能有效。
急性ABPA除了抗曲霉（可选用伊曲康唑）治疗外，需加用糖皮质激素，开始可用泼尼松1周后改为隔日1次。慢性ABPA可用小剂量糖皮质激素。急性和慢性ABPA激素治疗其剂量和疗程根据情况决定。可酌情使用β2-受体激动剂或吸入糖皮质激素。
３.肺隐球菌病
治疗上可选用氟康唑、伊曲康唑或两性霉素B。也可选用伏立康唑。
４.肺孢子菌病
可选择复方磺胺甲基异唑、氨苯砜、羟乙基磺酸戊烷脒及三甲曲沙等。棘白菌素类抗真菌药如卡泊芬净和米卡芬净等对肺孢子菌也有良好的疗效。
