曲菌球对抗真菌药物治疗通常无效，应及早手术治疗。变态反应性支气管肺曲菌病患者经抗真菌药物治疗，对支气管内曲菌有一定疗效，但易复发。皮质类固醇是目前治疗本病最有效的药物，可抑制变态反应发生，减少痰液，不利于曲菌种植。口服强的松有助于肺浸润吸收，也可联用二性霉素B，常用氟美松和二性霉素B加入生理盐水中雾化吸入。对顽固性患者可作支气管镜冲洗，吸出分泌物，保持气道通畅，提高药物的疗效。IPA患者采用抗真菌药物治疗。首选两性霉素B，可联合利福平口服，两者联用有协同作用。也可应用氟胞嘧啶。伊曲康唑抗真菌活性强，对曲菌疗效肯定。对于顽固性、复发性、侵入性肺曲菌病患者，病灶局限者可作肺部分切除。
