一、积极治疗原发病，纠正可能的诱发因素。
二、调整机体的免疫功能和营养不良状态。
三、合理应用微生态制剂。
四、其他
1、饮食调整：发酵性腹泻应限制碳水化合物，腐败性腹泻应限制蛋白质的摄入。增强肠粘膜

一、积极治疗原发病，纠正可能的诱发因素。
二、调整机体的免疫功能和营养不良状态。
三、合理应用微生态制剂。
四、其他
1、饮食调整：发酵性腹泻应限制碳水化合物，腐败性腹泻应限制蛋白质的摄入。增强肠粘膜的局部防御屏障功能，防止细菌易位，应增加纤维食物。
2、抗菌药物：立即停止原抗生素，应根据菌群分析以及抗菌药物敏感试验，选用合适的抗生素以及抑制过度繁殖的细菌，从而间接扶植肠道繁殖不足的细菌。此外还可采用广谱抗菌药物将肠道细菌大部分消灭，然后再灌入正常肠道菌群的菌液以使其恢复。
3、菌群促进剂：口服菌群促进剂，亦可达到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植在肠杆菌，用叶酸扶植肠球菌，儿童常用分叉杆菌因子促进分叉乳杆菌生长。应用半乳糖甙一果酸，受细菌分解后形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他细菌，而支持乳杆菌生长。
4、耐药性肠球菌制剂：日本目黑氏等采用增厚传代培养法获得了耐链霉素、红霉素、四环节、氨苄青霉素的肠球菌一类链球菌BIO 4R株。经动物和人体内试验表明，本菌具有耐多种抗菌素性，故能阻止其他菌群异常繁殖，克服菌群失调，改善大便性异常，且比以往单用抗菌素治疗疗效迅捷，并能防止粪链球菌BIO 4R株的耐药因子向大肠杆菌K 12株转移。