尖锐湿疣多采用激光、高频电刀、冷冻、手术或局部外用药物三氯醋酸、鬼臼脂（podophyllin、足叶草脂、疣必治）等方法，直接破坏或去除疣体。
长期以来，尖锐湿疣多用局部外用药物鬼臼脂

尖锐湿疣多采用激光、高频电刀、冷冻、手术或局部外用药物三氯醋酸、鬼臼脂（podophyllin、足叶草脂、疣必治）等方法，直接破坏或去除疣体。
长期以来，尖锐湿疣多用局部外用药物鬼臼脂治疗。尿道外口的尖锐湿疣可用10%～25%鬼臼脂制剂涂于疣上，数次即可使疣消退，每次用药数小时后，再用水将药物洗掉。涂药时应仔细小心，勿使药液接触于正常皮肤或粘膜上，否则局部可以发生糜烂，每次治疗的湿疣不宜过多，更不能大片涂布。尿道舟状窝的尖锐湿疣可用1%利多卡因在阴茎腹侧近系带处局部麻醉下用眼科小镊子扩张尿道口，充分暴露疣体，用25%鬼臼脂涂于疣体表面，待干后再外搽少许凡士林，以保护周围正常组织。隔天用药1次，直至疣体完全脱落为一个疗程（一般用药2～5次）。鬼臼脂仅适用于尿道口或舟状窝疣，深部尿道疣因暴露困难无法局部用药。
Halverstadt 用噻替哌60mg，溶于10～15ml 无菌蒸馏水，注入尿道，保留半小时，每周1次，效果良好，方法简便易行。适于深部尿道疣及分布广泛的多发性尿道疣。有人用δ‐氨基酮戊酸光动力疗法进行肿瘤消融术，使疣体缩小和消失，而对正常组织没有损害，取得了满意疗效。
尿道深部的尖锐湿疣须借尿道镜电灼或电切去疣，术后须用药物灌注尿道才能治疗彻底和防止复发。无论是电切、电灼或手术治疗，在去除疣体的同时不可避免地会损伤一些正常组织，增加HPV 感染机会；此外，外观正常的组织可能存在HPV 感染亚临床状态，过一段时间后以新疣体形式出现，导致临床复发。尿道尖锐湿疣治疗后复发率约为23.8%～35.5%，故手术后需要药物治疗亚临床感染和预防复发。氟尿嘧啶（5‐FU）是一种能抑制细胞DNA 和RNA 合成的抗代谢药物、也可能有免疫激活的作用。5%5‐FU 尿道灌注和浸泡阴茎常作为预防复发和治疗难治性尖锐湿疣的药物，该药不损伤正常皮肤，但必须保持病损区有较高的药浓度，才能充分发挥其疗效。此外，电切后也可尿道内灌注白介素‐2 或灌注丙氧鸟苷（丙氧鸟苷0.25 ＋生理盐水40ml，1次／周，共4次）以防止复发。
包皮过长为HPV 的侵入、停留及繁殖提供了条件，因此凡有包皮过长的病人应行包皮环切术，也是去除病毒生长环境、预防复发的有效措施。尖锐湿疣治疗后复发的原因中还可能是尖锐湿疣损害未被彻底去除及病人的性伴侣也有HPV 感染或尖锐湿疣而未同时治疗。