与婴幼儿、儿童期感染有关的疾病很多。
１.无菌性脑膜炎、脑炎
除脊髓灰质炎病毒外，其他肠道病毒引起瘫痪很少。
２.心肌炎和心包炎
柯萨奇病毒B 2、B 3、B 4型引起。柯萨奇病毒B 组有明显嗜心肌性

与婴幼儿、儿童期感染有关的疾病很多。
１.无菌性脑膜炎、脑炎
除脊髓灰质炎病毒外，其他肠道病毒引起瘫痪很少。
２.心肌炎和心包炎
柯萨奇病毒B 2、B 3、B 4型引起。柯萨奇病毒B 组有明显嗜心肌性，宫内感染可引起心肌钙化。临床症状凶险，有心动过速、呼吸困难、面色苍白、青紫、肝脏急剧增大、心脏扩大、奔马律、心前区杂音、血压下降、肺不张或肺水肿；皮肤大理石纹、出血、血小板减少、周围循环衰竭、甚至DIC，部分有中枢神经系统及肝脏损害，称为新生儿脑‐心肌炎。
３.流行性胸痛或肌痛
特点为突发性肌痛、心胸、腹壁及膈肌附着点最为显著，常伴随发热，咽痛，腹泻等。阵发性刺痛，烧灼痛，胀痛或紧压痛。以柯萨奇病毒B 组为主要病原。
４.疱疹性咽峡炎
大多数为柯萨奇病毒A 组，B 组1～5 型较少致本病。埃可病毒30 型亦可致病。潜伏期2～4天，突起发热，咽痛，有时高热达40℃，热程2～4天，咽峡部见灰白色疱疹，直径1～2mm，四周红晕，2～3天后疱疹破溃，为黄色溃疡，多见于扁桃体、软腭、腭垂，但不见于齿龈及颊粘膜，与球菌性口炎分布不同。
５.手足口病
大多为柯萨奇病毒A 16所致，亦可为A 10、A 5所致，主要为口腔、手、足皮疹，多见4岁以下儿童，夏季多见。口腔内散发性小疱疹，位于舌、颊粘膜、硬腭等处，皮疹初为红色斑丘疹，后为疱疹，圆形或椭圆形，质地较硬，稍痛，手、足和掌和背面均可见，1周左右痊愈，不留瘢痕，色素，常需防止继发感染。
６.出疹性疾病
在柯萨奇病毒感染过程中出现各种皮疹，如A 组2、4、9、16 型及B 组1、3、5 型，埃可病毒4、9、16 型感染时发生皮疹最多。以夏秋多见，同一次流行中皮疹多发生于婴幼儿及儿童，成人少见，可称为流行性出疹热。皮疹可为斑疹，斑丘疹，水痘疹或荨麻疹及瘀点，有时常伴有全身或颈、枕后淋巴结肿大，有时可伴腹泻或结膜炎。
７.呼吸道感染
大多为上呼吸道感染，喷嚏，鼻塞，咳嗽，并可出现鼻炎，咽炎，支气管炎，支气管肺炎及间质性肺炎的临床表现。埃可病毒20型感染，可无临床表现，但可引起葡萄球菌大量寄生，导致葡萄球菌在产婴室内扩散，故称这种婴儿为“cloud baby”。
８.消化系统感染
可发生有热或无热性呕吐，腹泻，每日3～6次，大便呈蛋花样或稀糊状。埃可病毒感染大便中偶见少许血，无粘液和脓细胞。个别可发生脱水症状，甚至引起坏死性小肠炎和胰腺炎。
９.流行性急性结膜炎
1970年首次从新加坡分离出致病病毒，为一种肠道病毒。传播快，易形成大流行。潜伏期1天，主要表现突然眼结膜红、肿、痛、流泪及脓性分泌物，可伴有结膜下出血。极少累及巩膜，虹膜，全身症状少，病程1～2周。
１０.柯萨奇与埃可病毒尚可致肝炎，
睾丸炎，多发性神经根炎，以及有报道与糖尿病，肾炎，溶血尿毒综合征等有关。