大部分脓肿是由细菌感染引起的，常见的致病菌为黄色葡萄球菌。当细菌进入体内时，人体免疫系统会将参与抵抗感染的白细胞送至感染部位。白细胞攻击细菌的同时，也会造成周边部分组织的死亡。组织死亡液化塌陷后形成的空洞，逐渐被包含了死亡组织、白细胞和细菌的脓液填充，由于脓液中的纤维蛋白形成网状支架使得病变限制于局部，脓腔周围充血水肿和白细胞浸润，形成的肉芽组织增生为主的脓腔壁，最后形成脓肿。
深部脓肿往往是现有疾病（如身体其他部位的感染）的并发症。例如，由阑尾炎引起的阑尾破裂，导致细菌在腹部蔓延传播，可引起局部脓肿形成。
