在许多情况下，口腔溃疡的原因并不清楚。大多数单一口腔溃疡是口腔内皮肤损伤引起的。例如:不小心咬伤脸颊黏膜，不合适的假牙或是坚硬的食物损伤黏膜。复发性口腔溃疡的原因也不是很清楚，但诱发因素包括：压力和焦虑；激素的变化，一些女性可能在他们的月经周期内发生口腔溃疡；某些食物，如巧克力、辛辣的食物、咖啡、花生、杏仁、草莓、奶酪、西红柿和小麦粉也会引起口腔溃疡；含有十二烷基硫酸钠的牙膏；戒烟(第一次戒烟的时候可能会出现口腔溃疡)。

口腔溃疡可能是由某些疾病引起的，如：病毒感染，包括疱疹病毒、水痘和手足口病；维生素B12和铁缺乏；克罗恩病（一种引起消化系统长期炎症的疾病）；乳糜泻（常见的消化的疾病，主要指患者对蛋白过敏）；反应性关节炎（是一种能够在全身引起炎症的疾病，通常是感染引起的）；免疫力的低下例如艾滋病毒或狼疮。