此型肠结核较为多见。病变多发生在末段回肠，且常为多发性。病变最早开始于肠壁的淋巴组织（Peyer 淋巴集结及孤立的淋巴滤泡），不久即发生干酪样变，最后粘膜脱落而成溃疡，肠系膜淋巴结也

此型肠结核较为多见。病变多发生在末段回肠，且常为多发性。病变最早开始于肠壁的淋巴组织（Peyer 淋巴集结及孤立的淋巴滤泡），不久即发生干酪样变，最后粘膜脱落而成溃疡，肠系膜淋巴结也经常受累。在显微镜下常见明显的内皮细胞及淋巴细胞浸润，巨噬细胞的形成及典型的干酪样变。
溃疡的大小不等，形态不整，边缘呈潜行性，而深浅亦各异，可深达粘膜下层、肌层或浆膜。因溃疡形成的过程较慢，溃疡形成的同时又有腹膜粘连产生，故结核性溃疡发生穿孔者不多见，即使穿孔也常形成局限性的腹腔脓肿。肠结核患者穿孔约占病例的2%～4%。穿孔位置多在末段回肠或阑尾，临床上在阑尾切除术后并发肠瘘者，应疑有肠结核或局限性肠炎（Crohn 病）的可能。有时慢性穿孔后所形成的脓肿，可自行穿破腹壁形成肠瘘，这种自发性肠瘘最多见于脐部，因该处腹壁最薄。肠系膜淋巴结结核形成的寒性脓肿，有时也可自脐孔穿出形成脐窦。偶尔，因病变引起了肠壁末梢血管的栓塞，有时可发生严重的肠出血。
因溃疡常沿肠壁淋巴管的方向环形发展，故在愈合过程中常造成肠管的环状狭窄，引起肠道的部分梗阻。如狭窄为多发性，则狭窄之间的肠管扩张，肠壁增厚，肠袢可呈一串腊肠状。然而肠梗阻的产生，更多的是由于腹膜发生粘连，肠袢屈曲过度的结果。