AFLP的病因不明。由于AFLP发生于妊娠晚期，只有终止妊娠才有痊愈的希望，故推测是妊娠引起的激素变化，使脂肪酸代谢发生障碍，致游离脂肪酸堆积在肝细胞和肾、胰、脑等其他脏器，造成多脏器损害。近

AFLP的病因不明。由于AFLP发生于妊娠晚期，只有终止妊娠才有痊愈的希望，故推测是妊娠引起的激素变化，使脂肪酸代谢发生障碍，致游离脂肪酸堆积在肝细胞和肾、胰、脑等其他脏器，造成多脏器损害。近年来已有多例复发病例和其子代有遗传缺陷报道，故有人提出可能是先天遗传性疾病。此外，病毒感染、中毒、药物（如四环素）、营养不良、妊娠期高血压疾病等多因素对线粒体脂肪酸氧化的损害作用可能也与之有关。

AFLP由Sheehan等1940年首先报道，此后曾被称为产科急性黄色肝萎缩、妊娠期肝脏脂肪变性及与妊娠有关的急性肝脏变性、妊娠急性脂肪肝等。近年来有人提出AFLP可能是一种先天性遗传病，认为母体中链脂酰辅酶A脱氢酶缺乏会使中链脂肪酸聚集，从而导致母体脂肪酸代谢发生障碍。Blish等通过单链核酸构象及核苷酸序列分析检测母体线粒体三功能蛋白α亚单位突变情况，发现在编码线粒体三功能蛋白的长链3‐羟酰辅酶A脱氢酶基因区域出现第Ⅱ外显子（C1072 A，Q322K）异常的杂合性突变，提示母体长链3‐羟酰辅酶A脱氢酶基因突变可能导致AFLP。这可能是由于妊娠使脂肪酸代谢增高，而长链3‐羟酰辅酶A脱氢酶突变母亲对脂肪酸代谢能力降低，当脂肪酸代谢超出母体代谢能力时，就可导致母体循环中脂肪酸堆积而造成肝损害。
有研究者认为，AFLP时胎儿脂肪酸氧化障碍，并通过母儿间的相互作用对母体产生不利影响。脂肪酸在细胞中有多种脂肪酸氧化降解反应，最熟悉的β‐氧化发生在线粒体的间质中，其负责直链脂肪酸的降解。β‐氧化包含至少25种酶和特殊的传递蛋白，其中18种的缺乏能引起人类疾病。已证实，β‐氧化失调能引起1%～3%不明原因的婴儿突然死亡、AFLP和HELLP，均造成较高的新生儿及母亲的患病率和病死率，这与胎儿脂肪酸的β‐氧化缺乏有关。随后的报道也均证实，长链3‐羟酰辅酶A脱氢酶缺乏的胎儿，其母亲妊娠期AFLP发病率为15%～25%。线粒体脂肪酸氧化功能障碍患儿的母亲易患AFLP。线粒体脂肪酸氧化功能障碍主要由长链3‐羟酰辅酶A脱氢酶缺乏引起，该酶为线粒体脂酰辅酶A β‐氧化的第3步反应所需的同工酶。长链3‐羟酰辅酶A脱氢酶缺乏的分子生物学基础是15号外显子1528位点突变（G1528C）导致该酶474位氨基酸的改变，从而造成酶活性中心构象发生改变，酶活性显著降低。胎儿由于缺乏长链3‐羟酰辅酶A脱氢酶而使生成的大量长链脂肪酸不能氧化。脂肪酸β‐氧化是大多数细胞的能量来源。中链脂酰辅酶A脱氢酶和长链脂酰辅酶A脱氢酶分别是β‐氧化循环的第1个和第3个限速步骤，如果缺乏就会导致中链和长链脂肪酸聚集。代谢产物堆积在母体内，对肝脏具有高毒性，胎盘本身也会产生过量脂肪酸使母体游离的脂肪酸进一步升高，且妊娠期脂肪酸代谢利用率降低可加重毒性。该病可能系先天性遗传性代谢障碍性疾病，胎儿存在长链脂酰辅酶A脱氢酶缺乏，属常染色体隐性遗传性疾病，有很大的遗传异质性。如果母体也是杂合子且长链脂酰辅酶A脱氢酶缺乏，则危险性更高。
也有学者报道了胎儿肉碱脂酰转移酶Ⅰ缺乏与母亲AFLP的关系。长链脂酰辅酶A 必须依赖肉碱转运系统才能进入线粒体基质进行β‐氧化，并且需要肉碱脂酰转移酶Ⅰ和肉碱脂酰转移酶Ⅱ2种同工酶的参与，其中肉碱脂酰转移酶Ⅰ发挥更重要的调控作用。因此，肉碱脂酰转移酶Ⅰ缺乏可引起长链脂肪酸及其辅酶A的聚集，最后导致脂肪酸代谢发生障碍。
近年认为，AFLP与妊娠高血压的发病机制密切相关，并与脂肪酸线粒体氧化过程中的多种酶缺失有关。认为子痫前期、HELLP综合征和AFLP可能为疾病从轻微到严重以致威胁生命的多系统功能障碍的谱系改变，可能会造成AFLP患者较多地并发妊娠期高血压疾病。既往研究也显示HELLP综合征与AFLP在病因、临床表现和治疗等方面有很多共同之处。此外，一些假说认为，AFLP可能与妊娠期母体激素异常对线粒体脂肪酸氧化的损害作用有关。妊娠晚期体内肾上腺皮质激素、去甲肾上腺素、促肾上腺皮质激素、生长激素和雌激素均明显增加，从而影响脂肪代谢。雌激素能使三酰甘油在肝脏中的合成增加，而去甲肾上腺素、促肾上腺皮质激素和生长激素对来自脂肪组织的脂肪酸有动员其大量增加的作用。在此基础上若有营养不良、感染、子痫前期等，则极易诱发AFLP，因此终止妊娠后病情常能缓解。
AFLP确诊的“金标准”是肝脏穿刺。尽管B超、CT等检查无创、方便，但是存在一定程度假阴性率，有报告B超假阴性率为20%～91%，CT假阴性率亦可高达80%。目前国内报道的AFLP病理诊断，大多是分娩和死后进行的回顾性肝脏穿刺，早期阶段主动进行肝脏穿刺者很少。AFLP的主要病理改变是肝细胞内大量的脂肪微滴浸润，肝脏的总体结构不发生改变，肝细胞肿胀，胞质内充满脂肪滴，脂肪滴微小，并且在胞质中围绕于胞核的周围，HE 染色组织切片上可见许多独特的空泡，进一步发展可见少量的、大片的脂肪空泡，可能与脂肪变性有关，但炎症坏死不明显。用特殊脂肪油红O染色，细胞中的脂肪小滴可见特殊染色，阳性率更高。病情开始在肝小叶中心带和中间带，以后发展到门脉区的肝细胞。病情进一步恶化，肾脏、胰腺、脑组织等脏器均有微囊样脂肪变性，常伴有肾、脑、胰、心等多脏器损害。