１.病原体感染
副伤寒的病原体有三种：①副伤寒甲的病原体为副伤寒甲杆菌，或称副伤寒甲沙门菌;②副伤寒乙的病原体为副伤寒乙杆菌，或称副伤寒乙沙门菌;③副伤寒丙的病原体为副伤寒丙杆菌，或称副伤寒丙沙门菌，以上三种杆菌分别属于沙门菌属中A，B，C三群，均可按噬菌体分型方法进行分型，各种副伤寒杆菌均有“O”和“H”抗原，其中副伤寒丙杆菌还兼有“Vi”抗原，在自然条件下，副伤寒杆菌一般只能感染人类。
２.免疫力低下
在机体免疫力低下导致抵抗力下降的时候，机体通过环境或者接触病人后被病菌所感染，产生副伤寒的症状。
与伤寒相仿副伤寒甲及乙主要引起回肠及结肠广泛炎性病变，但病变多浅表，很少引起肠出血，穿孔；而副伤寒丙较多侵及肠外组织及器官，特别是败血症、骨、关节、心包及软组织等局限性化脓灶较为常见。
