１.粪便检查：为确诊的重要依据，典型阿米巴痢疾的粪便呈暗红色果酱样，有特殊的腥臭，粪质较多，含血及黏液，镜检可见大量黏液成团的红细胞和少量白细胞，据称可直接从粪便PCR法鉴别出两种内阿米巴。
２.血清学检查：应用阿米巴纯抗原可以作多种免疫血清学诊断试验，无症状排包囊者抗体检测为阴性，目前已应用重组抗原检测抗体，据报道其敏感性和特异性均在90%以上。
３.核酸检测：主要提取脓液或粪便培养物，活检的肠组织及脓血便的DNA，以适当的引物进行扩增反应，目前认为按溶组织内阿米巴编码分子量为29×103/30×103多胱氨酸抗原(又称peroxiredoxin)基因设计的引物最为良好的特异性和敏感性。
４.X线钡剂灌肠检查：病变部有充盈缺损，痉挛及壅塞现象。
１.细菌性痢疾
２.血吸虫病：有疫水接触史，肝脾大，血嗜酸性粒细胞增高，大便毛蚴孵化，直肠黏膜活检虫卵及环卵沉淀试验或循环抗原检测等阳性可资鉴别。
３.结肠癌：一般年龄较大，排便习惯改变并有不畅感，粪便变细且含血液，有渐进性腹胀，肛指检查，X线钡剂，结肠镜检查等有助于鉴别。
４.非特异性溃疡性结肠炎：左侧痉挛性疼痛，内镜检查可见结肠黏膜广泛充血，水肿，溃疡多而易出血，多次病原体检查阴性，血清免疫学试验阿米巴抗体阴性，抗阿米巴诊断性治疗无效等可作出诊断。
