1.实验室检查
血常规、生化全项(肝肾功能+血清铁)、大便常规+便潜血等化验检查，有助于了解患者有无缺铁性贫血、肝肾功能等基本情况。进行血肿瘤标记物癌胚抗原(CEA)检测，有助于肿瘤的诊断。在大肠癌患者中，CEA水平高并不表示均存在远处转移;有少数转移瘤患者，CEA并不增高。
2.内镜检查
结肠镜检查是将纤维结肠镜伸入到结肠起始部位回盲部，检查结肠和直肠肠腔，并在检查过程中进行活检和治疗。结肠镜检查比钡剂灌肠X射线更准确，尤其对结肠小息肉，通过结肠镜摘除并行病理学确诊。良性息肉摘除可预防其转变为结直肠癌，癌性息肉有助于明确诊断和治疗。
3.活体组织检查和脱落细胞学检查
活体组织检查对大肠癌，尤其是早期癌和息肉癌变的确诊以及对病变进行鉴别诊断有决定性意义，可明确肿瘤的性质、组织学类型及恶性程度、判断预后和指导临床治疗。脱落细胞学检查准确性高，取材繁琐，不易获得满意的标本，临床应用少。
1.细菌性痢疾
主要与慢性细菌性痢疾鉴别。病人有腹痛、腹泻、里急后重、黏液脓血便、大便次数增多、左下腹压痛等为特征。如为慢性细菌性痢疾，可有急性发作，除上述症状加剧外尚有发热、头痛、食欲不振。本病有流行病学特征，大便培养痢疾杆菌阳性。乙状结肠镜检查肠黏膜除充血、水肿、溃疡外，黏膜呈颗粒状，可有瘢痕和息肉，取肠壁黏液脓性分泌物作细菌培养阳性率高，应用痢特灵、氟哌酸、氧氟沙星等抗菌药物治疗有效。
2.阿米巴痢疾
病人表现腹胀、腹痛、腹泻或有里急后重，大便呈黏液带脓血、排便次数增多。慢性型者可有消瘦、贫血，结肠常粗厚可触，左右两下腹及上腹部常有压痛，易和直肠癌或结肠癌相混淆。但阿米巴痢疾时大便有腥臭，粪中可找到阿米巴包囊或滋养体。乙状结肠镜检查见到正常黏膜上有典型的散在溃疡，从溃疡底刮取材料作镜检可找到原虫。
3.痔
临床上将直肠癌误诊为痔者实不少见。据上海肿瘤医院统计590例直肠癌被误诊为痔者156例，误诊率高达26.4%。误诊的主要原因系对病史了解不够，又未能作指检。一般内痔多为无痛性出血，呈鲜红色，不与大便相混，随出血量的多寡而表现为大便表面带血、滴血、线状流血甚至喷射状出血。而直肠癌患者之粪便常伴有黏液和直肠刺激症状，直肠指检或乙状结肠镜检查可将痔与直肠癌鉴别。
4.肠结核
肠结核以右下腹痛、腹泻、糊样便、腹部包块和全身结核中毒症状为特征。增生型肠结核，多以便秘为主要表现。X线胃肠钡餐造影可与大肠癌鉴别。溃疡型肠结核，钡剂在病变肠段可见激惹征象，充盈不佳，而在病变上下肠段的钡剂则充盈良好，称为X线钡影跳跃征象。黏膜皱襞粗乱，肠壁边缘不规则，有时呈锯齿状。增生型肠结核见肠段增生性狭窄、收缩与变形，可见充盈缺损、黏膜皱襞紊乱，肠壁僵硬与结肠袋消失。如作纤维结肠镜检查，从病变部位作活检可获进一步确诊。
5.血吸虫病
血吸虫病的肠道病变多见于直肠、乙状结肠和降结肠，虫卵沉积于肠黏膜使局部充血、水肿、坏死，当坏死黏膜脱落后即形成浅表溃疡，临床上表现腹痛、腹泻及便血等症状，进一步出现结缔组织增生，最后使肠壁增厚，严重者引起肠腔狭窄和肉芽肿，应与大肠癌相鉴别。但日本血吸虫病与大肠癌有一定相互关系，因此，在结肠镜检查时应在病变部位，尤其对肉芽肿病变进行组织活检。
6.克罗恩病
克罗恩病为肉芽肿炎性病变，并发纤维性变与溃疡，好发于青壮年。腹泻一般轻，每天排便3～6次，腹痛多在右下腹，排便后腹痛可减轻，约1/3病例在右下腹可扪及包块，并可出现肛瘘、肛门周围脓肿。钡灌肠有特征改变，可见肠壁增厚、僵硬、肠腔狭窄，黏膜皱襞消失、变粗、变平、变直，多呈一细条状阴影;纵形溃疡或横行裂隙状溃疡;正常黏膜呈充血、水肿、纤维化，呈假息肉样病变称卵石征。纤维结肠镜可见黏膜水肿、稍充血、卵石样隆起，伴有圆形、线状或沟漕样溃疡。病人常并发发热、贫血、关节炎及肝病。
7.溃疡性结肠炎
UC是一种原因不明的直肠和结肠慢性炎性疾病，95%以上病例有直肠受累。以20～50岁多见。临床上以腹泻、黏液脓血便、腹痛和里急后重为主要表现，故与直肠癌易混淆。纤维结肠镜检查可见病变黏膜呈弥漫性充血、水肿，黏膜表面呈颗粒状，常有糜烂或浅小溃疡，附有黏液和脓性分泌物，重者溃疡较大。后期可见假性息肉，结肠袋消失。气钡双重对比造影可见黏膜皱襞粗大紊乱，有溃疡和分泌物复盖时，肠壁边缘可呈毛刺状或锯齿状，后期肠壁僵硬，肠腔狭窄，结肠袋消失，假性息肉形成后可呈圆形或卵石形充盈缺损。
8.肠易激综合征
IBS是一种肠功能紊乱性疾病，其发生与精神心理因素有关。腹痛、腹泻、便秘、腹泻与便秘交替、消化不良为其主要表现。但一般情况良好，多次粪常规及培养均阴性，X线钡灌和纤维结肠镜检查均无阳性发现。
