１.实验室检查
（１）血常规及肝功能：血白细胞总数及中性粒细胞计数增高，50%有贫血，90%以上有血沉加速，肝功能有一定损害，大部分患者碱性磷酸酶明显升高，转氨酶仅中度升高，约半数胆红素升高，低蛋白血

１.实验室检查
（１）血常规及肝功能：血白细胞总数及中性粒细胞计数增高，50%有贫血，90%以上有血沉加速，肝功能有一定损害，大部分患者碱性磷酸酶明显升高，转氨酶仅中度升高，约半数胆红素升高，低蛋白血症明显者预后欠佳。
（２）肝穿刺：可在触痛点最明显的肋间穿刺，针进入皮肤及肌层后，让病人吸一大口气，再尽量呼出并屏息片刻，将针大部刺入肝内，立即抽出内芯，抽吸肝内容，抽取的脓液做细菌培养(阳性率高)，需要时做血培养，但阳性率低。
（３）肝脓液培养：细菌检出率为20%～50%，致病菌与感染途径有关，从胆道和门静脉侵入的多为大肠杆菌或其他革兰阴性杆菌;从肝动脉侵入的多为球菌，特别是葡萄球菌，国内532例肝脓液培养85.2%阳性，其中葡萄球菌占38.6%，大肠杆菌占27.4%，其他尚有肠链球菌与溶血性链球菌，绿脓杆菌，变形杆菌，粪产碱杆菌，产气杆菌等，还有部分为混合感染，国内报道，肝脓液培养60%以上为肠道革兰阴性杆菌，常见的阳性球菌也是金黄色葡萄球菌，创伤后及免疫抑制患者的肝脓肿链球菌和金黄色葡萄球菌较为多见，有报告细菌性肝脓肿中36%～45%为厌氧菌感染，约25%患者为需氧，厌氧菌混合感染，以往的无菌性脓肿多数为厌氧菌引起，若常规采用厌氧菌培养技术可提高培养阳性率，厌氧菌中常见者为脆弱类杆菌，巨核梭形杆菌，微需氧链球菌等。
（４）血培养：同时做血培养可有致病菌生长，部分与脓液培养的致病菌相同，血培养阴性可能是细菌不经血行感染或已使用抗生素影响培养结果。:２.影像学检查
（１）X线检查
X线检查可发现肝脏阴影增大，如果脓肿位于右肝叶，可观察到膈肌抬高，运动受限，肋膈角模糊或胸腔少量积液，右下肺炎症或肺不张等，有时在脓肿部位可出现气液平面，多提示脓肿由产气细菌感染所致，肝左叶的脓肿可出现胃贲门和胃小弯受压现象，膈肌运动受限，肋膈角消失，胸腔少量积液等情况时，还要考虑到有无膈下脓肿存在。
（２）超声波检查
可发现脓肿部位有典型的液性回声暗区或脓肿内液平面，该检查除能协助临床诊断外，还可以帮助了解脓腔的部位，大小及距体表的深度，以便确定脓肿的最佳穿刺点和进针方向与深度，或为手术引流提供入路选择，但超声对小于1cm的多发性肝脓肿，往往难以发现，临床诊断时应予注意，从超声学的角度，还需要与其他囊性病变鉴别，一般情况下，肝囊肿的囊壁整齐清晰，囊内密度均匀一致，而肝脓肿的腔壁不规则，界限不清楚，腔内常含有多个回声区。
（３）CT检查
CT检查可发现脓肿的大小及形态，显示脓肿在肝脏中的确切部位，为临床医师行脓肿穿刺及手术引流提供清晰，直观的影像资料，主要表现为肝内出现低密度区，CT值略高于肝囊肿，边界多数不太清晰，有时低密度区内可出现块状影，注射造影剂后其外围增强明显，边界更加清楚，增强扫描的典型表现是脓肿壁的环状增强(靶征)，出现“靶”征强力提示脓肿已形成。
（４）MRI检查
肝脓肿早期因水肿存在，故在MRI检查时具有长T1和T2弛豫时间特点，在T1权重像上表现为边界不清的低信号强度区，而在T2权重像上信号强度增高，当脓肿形成后，则脓肿在T1权重像上为低强度信号区;脓肿壁系炎症肉芽结缔组织，其信号强度也较低，但稍高于脓肿部;脓肿壁周围的炎症水肿肝组织形成稍低于脓肿壁环状信号强度灶，在T2权重像上，脓肿和水肿的组织信号强度增高明显，在其间存在稍低信号强度的环状脓肿壁。
细菌性肝脓肿鉴别诊断较困难，因临床上同有发热，白细胞增多等炎症反应，且肝脏肿大，肝区压痛的病变并不单仅肝脓肿一种，兹就下列几种常见疾患，分别论述其与肿脓肿的不同点：
１.胆囊和胆道疾患
胆囊和胆道疾患常有急性发作史，如为单纯胆石症，则全身反应不显著而恶心呕吐常为突出的表现;而肝脓肿一般多不伴有恶心呕吐，急性胆囊炎常有明显的局部疼痛和压痛，且常能扪得肿大的胆囊;而肝脓肿则主要表现为肝脏之向上肿大，胆囊不能触及，胆总管结石伴有严重胆管炎者，临床上有时与肝脓肿甚相似，但胆管结石常伴有恶心呕吐及黄疸，在早期其肝脏的肿大和触痛常不明显，而横膈也无升高和活动限制现象。
２.右膈下脓肿
膈下脓肿与细菌性肝脓肿的鉴别更困难，术前之正确诊断有时几乎不可能，一般说来，细菌性肝脓肿的全身反应较之膈下脓肿尤为严重;在后者，寒战和间歇型的高热不如肝脓肿显著，相反，胸壁的疼痛在膈下脓肿较为显著，放射到肩部的现象比较经常，且呼吸时疼痛加剧的现象也较明显，膈下脓肿形成前几乎常有先驱病变如急性阑尾炎穿孔及溃疡病穿孔等;然而上述病灶也可以引致肝脓肿。
X线检查有时可对上述两种病变作出鉴别，一般单纯的膈下脓肿在前后位片上可见肋膈角模糊，侧位片上可见后侧的肋膈角模糊，而肝脓肿并有膈下脓肿者，在前后位片中可见心膈角模糊，侧位片上可见前面的肋膈角模糊，B型超声检查对诊断帮助更大，当超声和CT扫描不易鉴别时，磁共振冠状面图像可以确诊。
３.阿米巴性肝脓肿
一般说来，多发性细菌性肝脓肿与单发性细菌性肝脓肿在临床上也有不同表现，前者多有突然的寒战，高热及出汗，肝脏的肿大和压痛明显，白细胞增加较显著，黄疸也较多见;而单发性细菌性肝脓肿则上述表现均较轻微或缓和，同样，阿米巴性肝脓肿的临床表现较之多发性细菌性肝脓肿也较缓和，两者之间的鉴别多不困难，但阿米巴性肝脓肿与单发性细菌性肝脓肿的症状则颇多相似之处，两者之鉴别有时非常不易。
最重要的鉴别点在阿米巴性肝脓肿常有阿米巴性肠炎和脓血便病史，如在患者粪便中找到阿米巴滋养体，更具有诊断意义，此外，阿米巴性肝脓肿的症状较轻，白细胞增加不显著，且以嗜酸性者为多，病程较长，但贫血较明显;肝大明显，肋间水肿，局部隆起及压痛较明显，确实的诊断往往只有在穿刺抽得脓液以后，根据脓液的性质及细菌检查结果，方能作出最后结论。
４.其他
（１）门静脉血栓性静脉炎有时也需与肝脓肿鉴别，单纯的血栓性门静脉炎常因门静脉血回流不畅(主要是因肝硬化及肝癌引起)及门静脉壁有病变，或者血液的成分有所改变(主要是红细胞增多或血小板增加)等原因产生，发病后门静脉内有血栓形成，患者也可有轻度寒战和发热等症状，有时可能与肝脓肿混淆，惟血栓性门静脉炎有时并可有腹水;而肝脏则多无明显肿大，无触痛，亦无黄疸，一般鉴别尚不困难。
肝癌有时与肝脓肿在鉴别上也有困难，虽然肝癌患者其肝脏的肿大多是结节性，质较硬，局部疼痛和压痛不明显，全身亦无明显炎症反应，但有时与单发性肝脓肿甚难鉴别，血清甲胎蛋白测定常呈阳性，B型超声检查等有助于鉴别。
（２）右下叶肺炎有时也有可能与肝脓肿混淆，后者所表现的寒战发热，右侧胸痛，呼吸急促，咳嗽，肺部啰音，白细胞增高，均可疑为有下叶肺炎的表现，惟在肝脓肿时肺部一般无实变的症状，横膈有升高现象，肝脏有肿大和压痛，当可作出鉴别。
近年来，随着医疗设备和临床诊疗技术的不断进步，为本病的临床诊断提供了很多有利的条件，重要的是临床医师要能考虑到本病的存在，因为早期诊断是改善本病及预后的关键。